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我是VV07072新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
枯草芽孢桿菌芽孢基因Spo0A及上下游序列(3200bp)的測(cè)定問(wèn)題 已有1人參與
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| 枯草芽孢桿菌是我自己篩選的,沒(méi)有做全基因測(cè)序。現(xiàn)在我要對(duì)這個(gè)菌做芽孢基因的敲除,因此我需要先得到這個(gè)菌的Spo0A及上下游序列(用來(lái)構(gòu)建敲除載體),再來(lái)設(shè)計(jì)引物。所以,我先參照別人論文中的引物以及PCR條件進(jìn)行,但是一直P(pán)CR不出我要的片段。已經(jīng)確定提取出來(lái)了總DNA,現(xiàn)在應(yīng)該如何進(jìn)行下去?求幫助! |
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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附件里是枯草芽孢桿菌168在該基因附近的序列。 因?yàn)槟愕木赡芎退膮^(qū)別較大,你可以根據(jù)該基因內(nèi)部(或上下游基因)的序列保守區(qū)域設(shè)計(jì)引物(可能需要簡(jiǎn)并引物)來(lái)做pcr擴(kuò)增并測(cè)序。 當(dāng)然樓上說(shuō)的全基因組測(cè)序自然是個(gè)選擇,有這個(gè)預(yù)算的話就做吧,估計(jì)遲早會(huì)在關(guān)于這個(gè)菌的其他性質(zhì)上用到,一勞永逸了。 |
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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測(cè)個(gè)全基因組吧,便宜實(shí)惠。小片段文庫(kù)+hiseq測(cè)1G數(shù)據(jù)1000元就ok了。當(dāng)然你也可以選擇擴(kuò)側(cè)翼序列,有許多方法,工作量大,花費(fèi)也不低 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |

新蟲(chóng) (初入文壇)
新蟲(chóng) (初入文壇)
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