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柳伊妃鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
amber模擬受體-配體復(fù)合物報(bào)錯(cuò)，小分子力場問題
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用amber模擬受體配體復(fù)合物出錯(cuò)，麻煩各位大神看看究竟是什么問題，如何解決呢？ > com = loadpdb gcx171.pdb Loading PDB file: ./gcx171.pdb -- residue 0: duplicate [ C] atoms (total 18) -- residue 0: duplicate [ H] atoms (total 2) -- residue 0: duplicate [ N] atoms (total 5) -- residue 0: duplicate [ O] atoms (total 2) Warning: Atom names in each residue should be unique. (Same-name atoms are handled by using the first occurrence and by ignoring the rest. Frequently duplicate atom names stem from alternate conformations in the PDB file.) Bond: Maximum coordination exceeded on .R<UNK 0>.A<H3 7> -- setting atoms pert=true overrides default limits ATOMS NOT BONDED: .R<UNK 0>.A<C 4> .R<UNK 0>.A<H3 7> !FATAL ERROR---------------------------------------- !FATAL: In file [atom.c], line 445 !FATAL: Message: bondAtomProblem found ! !ABORTING. |
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3樓2018-08-29 09:13:59
王小寧8888
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 75.4
- 帖子: 19
- 在線: 15.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 14184541
- 注冊(cè): 2019-02-17
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2020-11-09 15:40:19
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