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新技術(shù)分享！ATAC-seq新技術(shù)！
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今天給大家介紹一下通過高通量測序技術(shù)助力新藥研發(fā)的新技術(shù)！ATAC-seq是通過使用高通量測序?qū)D(zhuǎn)座酶可接近性核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行分析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）的一種創(chuàng)新表觀遺傳學(xué)研究技術(shù)。該技術(shù)通過轉(zhuǎn)座酶對某種特定時(shí)空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，進(jìn)而獲得在該特定時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。 真核細(xì)胞通過將基因組DNA與組蛋白進(jìn)行不同層次的折疊組裝成染色質(zhì)，這些精密組裝信息在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控中起決定性作用。染色質(zhì)區(qū)域的可接近性是特異性反式作用因子和順式調(diào)控元件相互作用的前提，基因表達(dá)的異常或者染色質(zhì)調(diào)控因子的改變都將對細(xì)胞的命運(yùn)產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響，進(jìn)而導(dǎo)致各種疾病的發(fā)生、發(fā)展。目前該技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列的鑒定。 ATAC-seq技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域： 1. 重大疾病發(fā)病機(jī)制 2. 藥物作用機(jī)制 3. 新藥研發(fā) 4. 生物標(biāo)志物功能研究 而將ATAC-seq和RNA-seq整合基因組學(xué)研究進(jìn)行整合研究，將會(huì)獲得對生物體（動(dòng)物或植物）中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制。通過ATAC-seq技術(shù)可以獲得細(xì)胞在某特定時(shí)空下所有染色質(zhì)展開區(qū)域的信息，可用于檢測所有在該條件下發(fā)生轉(zhuǎn)錄的基因及其順式調(diào)控元件；通過RNA-seq技術(shù)則可獲得細(xì)胞在該特定時(shí)空下所有的轉(zhuǎn)錄本信息；將兩者數(shù)據(jù)相整合則可推斷相關(guān)基因上游的順式調(diào)控序列，宏觀分析細(xì)胞在該特定時(shí)空下整個(gè)基因組的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。同時(shí)ATAC-seq測得的數(shù)據(jù)能更好的支撐和解釋RNA-seq測得的數(shù)據(jù)，更為精確地探索基因高表達(dá)和低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制。這一策略可以廣泛應(yīng)用于不同類型的細(xì)胞分化，腫瘤發(fā)生發(fā)展，以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程的研究。 該技術(shù)在國外已經(jīng)研究應(yīng)用比在國內(nèi)更加廣泛，目前國內(nèi)對于該技術(shù)的應(yīng)用還是不是很多，但是，運(yùn)用該技術(shù)發(fā)表高分文章的機(jī)會(huì)是很大的。比如《Nature》中發(fā)表的題目為“The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos”的文章影響因子為40.137，《Immunity》中發(fā)表的“Dynamic Changes in Chromatin Accessibility Occur in CD8+ T Cells Responding to Viral Infection”影響因子為22.844。 |
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