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[交流]
【求助】如何正確輸入BSSE文件
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| 我的體系含有Ru, O , H ,C 原子，采用B3LYP/GENECP 基組 請問如何輸入正確的 計(jì)算相互作用的文件 謝謝大家的幫助 |
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yuhuobuku
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bents(金幣+1):謝謝參與
bents(金幣+5,VIP+0):如果使用ONIOM方法 請問是不是也可以呢？ 3-17 10:53
lei0736(金幣+5,VIP+0):謝謝 3-18 08:57
bents(金幣+1):謝謝參與
bents(金幣+5,VIP+0):如果使用ONIOM方法 請問是不是也可以呢？ 3-17 10:53
lei0736(金幣+5,VIP+0):謝謝 3-18 08:57
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用counterpoise關(guān)鍵字： #uB3LYP/6-31G Counterpoise=2 SCF=(tight) C2 + NO --> C2NO 0 2 0 1 0 2 C 0.000000 1.600184 0.000000 1 C 0.000000 0.960265 0.000000 1 N 0.208401 3.031919 0.000000 2 O 1.164068 3.666273 0.000000 2 0 2 0 1 0 2分別代表總體系電荷和多重度，片段一的電荷和多重度，片段二的電荷和多重度。 分子坐標(biāo)后的1和2是定義的片段 用Bq原子： # b3lyp/3-21G** nosymm scf=tight test HBr + H2O manual counterpoise calculation, H2O removed 0 1 H 0.685176 -0.004924 -0.026973 Br -0.771917 0.000050 0.001967 O-Bq 2.536864 -0.000136 -0.051401 H-Bq 3.015128 0.789231 0.184042 H-Bq 3.021888 -0.784986 0.185282 這就相當(dāng)于用HBr + H2O的基組計(jì)算HBr 舉個(gè)例子，比如計(jì)算AB體系的BSSE矯正： 需要得出的五個(gè)能量分別是： 第一個(gè)是整體的能量E(AB) 第二個(gè)是單獨(dú)計(jì)算A的能量E(A) 第三個(gè)是單獨(dú)計(jì)算B的能量E(B) 第四個(gè)是計(jì)算在AB基組下，A的能量E(A/AB) 第五個(gè)是計(jì)算在AB基組下，B的能量E(B/AB) 那么，BSSE energy =E(A)+E(B)-E(A/AB)-E(B/AB)。計(jì)算E(A/AB)的基函數(shù)是計(jì)算AB的基函數(shù)，而計(jì)算E(A)的基函數(shù)只是計(jì)算AB基函數(shù)的一部分，基函數(shù)越多，能量計(jì)算的越準(zhǔn)確，能量計(jì)算越準(zhǔn)確，就越低，所以E(A/AB) 輸出文件里面5個(gè)scf第一個(gè)是整體的能量(記為E(AB))，后面4個(gè)是單體能量，分別是2個(gè)部分在整體基組和各自基組下的能量。 我當(dāng)時(shí)是用-Bq原子算的BSSE矯正， 估計(jì)你是用CP方法吧。但原理都是一樣的。 |
2樓2009-03-17 09:58:02
yuhuobuku
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3樓2009-03-17 09:59:34
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4樓2009-03-17 11:04:19
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我試驗(yàn)了一下 但是輸出的提示如下 %chk=AA4_bsse.chk %mem=1700mb %nproc=4 Will use up to 4 processors via shared memory. ----------------------------------------------------------------- # oniom(b3lyp/genecp:b3lyp/3-21g) nosymm scf=tight Counterpoise=2 ----------------------------------------------------------------- Cannot combine ONIOM and Counterpoise. 請問 為什么？ |
5樓2009-03-17 11:27:30
yuhuobuku
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6樓2009-03-17 12:30:38
7樓2009-03-17 14:08:38
jghe(金幣+0,VIP+0):謝謝你參與討論！ 3-18 19:39
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2樓關(guān)于結(jié)合能的，解釋很詳細(xì)，不過我認(rèn)為輸出出文件中的五個(gè)能量，順序好像不太對，補(bǔ)充下！ 需要得出的五個(gè)能量分別是： 第一個(gè)是整體的能量E(AB) 第二個(gè)是計(jì)算在AB基組下，A的能量E(A/AB) 第三個(gè)是計(jì)算在AB基組下，B的能量E(B/AB) 第四個(gè)是單獨(dú)計(jì)算A的能量E(A) 第五個(gè)是單獨(dú)計(jì)算B的能量E(B） 要不然代入公式BSSE為負(fù)值！不對的！ |
8樓2009-03-18 15:07:29
yuhuobuku
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9樓2009-03-18 15:26:33
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