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生物信息學(xué) ------基因和蛋白質(zhì)分析的實(shí)用指南 目錄 譯者序 編者序 1. 因特網(wǎng)與生物學(xué)家 1.1因特網(wǎng)基礎(chǔ) 1.2與因特網(wǎng)連接 1.3 電子郵件 1.4 文件傳輸協(xié)議 1.5 GOPHER 1.6 萬(wàn)維網(wǎng) 參考文獻(xiàn) 2. GenBank序列數(shù)據(jù)庫(kù) 2.1 簡(jiǎn)介 2.2 一級(jí)和二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù) 2.3 格式與內(nèi)容：計(jì)算機(jī)與人 2.4 數(shù)據(jù)庫(kù) 2.5 剖析GenBank 2.6 小結(jié) 參考文獻(xiàn) 附錄：數(shù)據(jù)庫(kù)文件格式 附錄2.1 GenBank ( DDBS)記錄例子 附錄2.2 一個(gè)ASN.1記錄例子 附錄2.3 一個(gè)EMBL記錄例子 附錄2.4 一個(gè)GenBank瀏覽文件 3. 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) 3.1 簡(jiǎn)介 3.2 PDB：Brookhaven國(guó)家實(shí)驗(yàn)室蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) 3.3 MMDB：NCBI的分子建模數(shù)據(jù)庫(kù) 3.4 結(jié)構(gòu)文件格式 3 .5 結(jié)構(gòu)信息顯示 3.6 數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)瀏覽器 參考文獻(xiàn) 專題論文 4. 應(yīng)用GCG進(jìn)行序列分析 4.1 簡(jiǎn)介 4.2 Wisconsin軟件包 4.3 Wisconsin使用的數(shù)據(jù)庫(kù) 4.4 SeqLab環(huán)境 4.5 用操作和Wisconsin程序分析序列 4.6 觀察輸出 4.7 監(jiān)視程序執(zhí)行過(guò)程并解決問(wèn)題 4.8 給序列加注釋并在SeqLab Editor中圖形化顯示注釋 4.9 在SeqLab Editor中保存序列 4.10 在SeqLab中可以實(shí)現(xiàn)的分析實(shí)例 4.11 引入非Wisconsin組件的程序擴(kuò)展SeqLab 參考文獻(xiàn) 附錄 5. 生物數(shù)據(jù)庫(kù)的信息檢索 5.1 檢索數(shù)據(jù)庫(kù)條目：檢索服務(wù)器(Retrieve 服務(wù)器) 5.2 集成信息檢索：ENTREZ系統(tǒng) 5.3 集成的信息訪問(wèn)：查詢服務(wù)器 5.4 NCBI之外的序列數(shù)據(jù)庫(kù) 5.5 醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 參考文獻(xiàn) 6. NCBI數(shù)據(jù)模型 6.1 簡(jiǎn)介 6.2 出版物 6.3 SEQIDS：名稱中包含了什么？ 6.4 BIOSEQ：生物序列 6.5 BIOSEQSETS：序列集合 6.6 Seq-annot:序列的注釋屬性 6.7 SEQ- DESCR: 序列的描述 6.8 模型的使用 6.9 結(jié)論 參考文獻(xiàn) 7. 序列比對(duì)和數(shù)據(jù)庫(kù)搜索 7.1 引言 7.2 序列比對(duì)的進(jìn)化基礎(chǔ) 7.3 蛋白質(zhì)的模塊性質(zhì) 7.4 最佳比對(duì)方法 7.5 取代分和空位處罰 7.6 比對(duì)的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性 7.7數(shù)據(jù)庫(kù)中的相似性搜索 7.8 FASTA 7.9 BLAST 7.10 低復(fù)雜度區(qū)域 7.11 重復(fù)元件 7.12小結(jié) 參考文獻(xiàn) 8. 多序列比對(duì)的實(shí)際應(yīng)用 8.1 漸進(jìn)比對(duì)方法 8.2 模體和樣式 8.3 演示方法 參考文獻(xiàn) 9. 系統(tǒng)發(fā)育分析 9.1 系統(tǒng)發(fā)育模型的組成 9.2系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)分析：比對(duì)，建立取代模型，建立進(jìn)化樹(shù)以及進(jìn)化樹(shù)評(píng)估 9.3 建立數(shù)據(jù)模型（比對(duì)） 9.4 決定取代模型 9.5 建樹(shù)方法 9.6 進(jìn)化樹(shù)搜索 9.7 確定樹(shù)根 9.8 評(píng)估進(jìn)化樹(shù)和數(shù)據(jù) 9.9 系統(tǒng)發(fā)育軟件 9.10 一些簡(jiǎn)單的實(shí)際的考慮 9.11 第九章所涉及到的因特網(wǎng)資源 致謝 參考文獻(xiàn) 10. 利用核酸序列的預(yù)測(cè)方法 10.1 框架 10.2 遮蔽重復(fù)序列 10.3 數(shù)據(jù)庫(kù)搜索 10.4 密碼子偏好的檢測(cè) 10.5 探查DNA中的功能性位點(diǎn) 10.6 復(fù)合的基因語(yǔ)法分析 10.7 搜尋tRNA基因 10.8 未來(lái)的展望 參考文獻(xiàn) 11. 利用蛋白質(zhì)序列的預(yù)測(cè)方法 11.1 基于組成的蛋白質(zhì)辨識(shí) 11.2 基于序列的物理性質(zhì) 11.3 二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類 11.4 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)特征 11.5 三級(jí)結(jié)構(gòu) 參考文獻(xiàn) 12.鼠類和人類公用物理 圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 12.1 物理圖譜的類型 12.2 大型公用數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因組范圍圖譜 12.3 個(gè)體來(lái)源的基因組范圍圖譜 12.4 特定人類染色體圖譜 12.5 鼠類圖譜來(lái)源 參考文獻(xiàn) 13. ACEDB一個(gè)基因組信息的數(shù)據(jù)庫(kù) 13.1 ACEDB的一般特點(diǎn) 13.2 ACEDB中的序列分析 13.3 多種分析功能 14.提交DNA序列到數(shù)據(jù)庫(kù) 14.1 提交到哪兒？ 14.2 提交什么內(nèi)容？ 14.3 如何提交到互聯(lián)網(wǎng) 14.4 如何用Sequin提交 14.5 EST/STS/GSS 14.6 基因組中心 14.7 更新 14.8 結(jié)論性的評(píng)價(jià) 參考文獻(xiàn) 附錄1 詞匯表 鏈接地址：http://www.360yiqi.com/bbs/plugin/spread/?uid=754 |
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