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| 查看: 11813 | 回復(fù): 210 | |||
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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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回復(fù)此樓
chcwaaa
木蟲 (正式寫手)
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連接2個pdb
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
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你好,我有2個pdb文件,我想用tcl命令連接到一個pdb里去. 我找到如下語句: protein.psf 和protein.pdb 對應(yīng) membrane.psf 和membrane.pdb對應(yīng) protein_lipids 是合并后的結(jié)果 package require psfgen readpsf protein.psf readpsf membrane.psf coordpdb protein.pdb coordpdb membrane.pdb writepdb protein_lipids.pdb writepsf protein_lipids.psf 我按照上面的腳本測試,出錯:unable to add (duplicate?) residue W1:1. 我實際上是連接2個同樣的水盒子,只是第二個相對于第一個盒子在z方向偏移了一定距離. 不知道是怎么回事,還有其它的方法嗎? 非常感謝! |
101樓2009-11-03 21:14:12
xpyp
木蟲 (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
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