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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 【在線答疑】關于NAMD/VMD
| 查看: 11802 | 回復: 210 | ||||||
bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關于NAMD/VMD 已有27人參與
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回復此樓 分子動力學 | 愛笑的女孩子受神眷顧 | PDT靶向相關 | 劉飛兒 |
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這是user define force , 屬于namd 的高級用法, 涉及的內容很多, 在一個帖子中講不完. 你還是先學一下基礎的吧. 把這個帖子提到的東西看完再說 http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html |
108樓2009-11-16 17:05:51
wx3266626
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207樓2015-11-30 08:57:46
2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
bay__gulf
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【回4樓】 NAMD 可以處理SBC，可以參考namd2.7b1 user's guide 第54-55頁或 http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000 以活性位點為中心，在半徑R1的球內分子完全柔性或小的諧振子恢復力，R1-R2 加上大的恢復力，R2以外完全剛性�；谶@個策略，在有效考慮體系重要部位的同時大大減小計算量，主要是減小了對溶劑的計算量。 PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。 [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ] |
5樓2009-05-02 14:01:47
6樓2009-05-22 16:20:20
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【回6樓】 這個在 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=14573 已有結果。 關鍵在于用selection 選擇要顯示的晶面。 比如x+2*y<0 是說只顯示滿足這個條件的原子，就能看到在x+2*y=0方向的晶面了。 |
7樓2009-05-23 11:09:45
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8樓2009-06-11 19:01:59
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