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【求助】只是優(yōu)化后文件，沒(méi)有restart文件，能繼續(xù)跑嗎 已有3人參與
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我看的文獻(xiàn)上寫(xiě)的水盒子邊上的水層厚度大于一半的cutoff（12）就行，沒(méi)理解錯(cuò)的話應(yīng)該沒(méi)錯(cuò)。 我今下午做了一個(gè)conf，先把體系固定在水溶液中，水分子不固定，對(duì)體系只做優(yōu)化relax，程序能運(yùn)行結(jié)束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因?yàn)橹皇莾?yōu)化，沒(méi)有restart文件  。剛開(kāi)始的時(shí)候我是想看看pdb文件里誰(shuí)的坐標(biāo)變了沒(méi)有，結(jié)果看到水中原子都沒(méi)變，想了想pdb文件根本不可能變化。想接著上面的把蛋白質(zhì)坐標(biāo)解除固定繼續(xù)做優(yōu)化、模擬，現(xiàn)在是不是只要把pdb文件里蛋白質(zhì)b因子改為0，然后 ？我優(yōu)化了500000步，這個(gè)firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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2樓2010-06-21 19:24:58
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source 后這樣調(diào)用 nanotube2 7.774 32 24 輸出文件名nanotube.pdb/psf, 換個(gè)名字比如abc.pdb/psf, 可以 nanotube2 7.774 32 24 abc 原子數(shù)較多(4736), 整個(gè)過(guò)程需要1-3分鐘, 耐心等一會(huì) 對(duì)于10000個(gè)原子以上的體系可能會(huì)有問(wèn)題, 到時(shí)候在拼接吧 par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力場(chǎng)的文件之一, 免費(fèi)開(kāi)放的資源很好找 但這個(gè)力場(chǎng)是做蛋白質(zhì)核酸的, 沒(méi)有專(zhuān)門(mén)針對(duì)SWNT 的參數(shù) 再提醒一下, SWNT 有若干組參數(shù), 各有優(yōu)劣各成一體, 不能混用 我手頭倒是有一組參數(shù), 不過(guò)"版權(quán)"不是我的, 我不便傳播 [ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ] |
9樓2010-06-22 17:17:06
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奧，O(∩_∩)O謝謝 這原來(lái)不是通過(guò)vmd自帶的modeling或者別的軟件生成的文件導(dǎo)成pdb的啊 應(yīng)該一樣的用吧，你沒(méi)聽(tīng)說(shuō)過(guò)沒(méi)有可以直接通過(guò)pdb導(dǎo)成psf的嗎 你這樣做的話，我覺(jué)得你確實(shí)很有水平，但是初始構(gòu)型就不如用可視化軟件調(diào)整方便啦 1。我想問(wèn)問(wèn)，我自己理解調(diào)整初始構(gòu)型只是調(diào)整的pdb文件里的坐標(biāo)，應(yīng)該對(duì)psf沒(méi)影響吧，psf文件仍然能夠用吧？ 2.我想生物分子與納米管作用的話，是不是應(yīng)該怎樣建初始構(gòu)型��？是不是應(yīng)該把生物分子和納米管的pdb坐標(biāo)文件粘貼到一塊就行啊，把psf分類(lèi)粘貼啊 謝謝版主指點(diǎn)啊 |
10樓2010-06-22 20:00:06
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