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【求助】只是優(yōu)化后文件，沒有restart文件，能繼續(xù)跑嗎 已有3人參與
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我看的文獻(xiàn)上寫的水盒子邊上的水層厚度大于一半的cutoff（12）就行，沒理解錯的話應(yīng)該沒錯。 我今下午做了一個conf，先把體系固定在水溶液中，水分子不固定，對體系只做優(yōu)化relax，程序能運(yùn)行結(jié)束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因?yàn)橹皇莾?yōu)化，沒有restart文件  。剛開始的時候我是想看看pdb文件里誰的坐標(biāo)變了沒有，結(jié)果看到水中原子都沒變，想了想pdb文件根本不可能變化。想接著上面的把蛋白質(zhì)坐標(biāo)解除固定繼續(xù)做優(yōu)化、模擬，現(xiàn)在是不是只要把pdb文件里蛋白質(zhì)b因子改為0，然后 ？我優(yōu)化了500000步，這個firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-22 18:37:20
574384607(金幣+5): 2010-06-22 19:31:30
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-22 18:37:20
574384607(金幣+5): 2010-06-22 19:31:30
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source 后這樣調(diào)用 nanotube2 7.774 32 24 輸出文件名nanotube.pdb/psf, 換個名字比如abc.pdb/psf, 可以 nanotube2 7.774 32 24 abc 原子數(shù)較多(4736), 整個過程需要1-3分鐘, 耐心等一會 對于10000個原子以上的體系可能會有問題, 到時候在拼接吧 par_all27_prot_lipid.inp 是charmm 力場的文件之一, 免費(fèi)開放的資源很好找 但這個力場是做蛋白質(zhì)核酸的, 沒有專門針對SWNT 的參數(shù) 再提醒一下, SWNT 有若干組參數(shù), 各有優(yōu)劣各成一體, 不能混用 我手頭倒是有一組參數(shù), 不過"版權(quán)"不是我的, 我不便傳播 [ Last edited by bay__gulf on 2010-6-22 at 17:30 ] |
9樓2010-06-22 17:17:06
wujiangjie
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bay__gulf
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574384607(金幣+4): 2010-06-22 15:44:07
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