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銀蟲(chóng) (小有名氣)

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[交流] 【求助】只是優(yōu)化后文件，沒(méi)有restart文件，能繼續(xù)跑嗎已有3人參與

我看的文獻(xiàn)上寫(xiě)的水盒子邊上的水層厚度大于一半的cutoff（12）就行，沒(méi)理解錯(cuò)的話應(yīng)該沒(méi)錯(cuò)。
我今下午做了一個(gè)conf，先把體系固定在水溶液中，水分子不固定，對(duì)體系只做優(yōu)化relax，程序能運(yùn)行結(jié)束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因?yàn)橹皇莾?yōu)化，沒(méi)有restart文件

。剛開(kāi)始的時(shí)候我是想看看pdb文件里誰(shuí)的坐標(biāo)變了沒(méi)有，結(jié)果看到水中原子都沒(méi)變，想了想pdb文件根本不可能變化。想接著上面的把蛋白質(zhì)坐標(biāo)解除固定繼續(xù)做優(yōu)化、模擬，現(xiàn)在是不是只要把pdb文件里蛋白質(zhì)b因子改為0，然后

？我優(yōu)化了500000步，這個(gè)firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]

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1樓 2010-06-21 09:54:38

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Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛？在VMD導(dǎo)出中應(yīng)該可以設(shè)置然后得到這個(gè)文件吧

lz是什么意思？你是指的碳納米管嗎，不是吧。
我覺(jué)得namd要運(yùn)行conf文件，應(yīng)該必定需要調(diào)用讀取pdb和psf文件吧？
不能成功的通過(guò)vmd自動(dòng)生成cnt的psf文件，網(wǎng)上說(shuō)是因?yàn)橥負(fù)浣Y(jié)構(gòu)不合適的原因

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3樓2010-06-21 21:26:36

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wujiangjie

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ghcacj(金幣+1):謝謝 2010-06-21 19:56:09
574384607(金幣+1): 2010-06-21 21:20:44

LZ要psf文件干嘛？在VMD導(dǎo)出中應(yīng)該可以設(shè)置然后得到這個(gè)文件吧

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2樓2010-06-21 19:24:58

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bay__gulf

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lei0736(金幣+3):謝謝 2010-06-22 10:52:21
574384607(金幣+4): 2010-06-22 15:44:07

已解決, 參考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

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4樓2010-06-22 10:09:40

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 10:09:40:
已解決, 參考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html

先謝謝啦，你說(shuō)的par我前兩個(gè)星期好像也看到過(guò)，那個(gè)文件是干什么的啊
不是力場(chǎng)吧，我先試試，不會(huì)的再大哥你請(qǐng)教
非常謝謝

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5樓2010-06-22 15:47:27

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