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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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回復(fù)此樓 分子動(dòng)力學(xué) | 愛笑的女孩子受神眷顧 | PDT靶向相關(guān) | 劉飛兒 |
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bay__gulf
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lei0736(金幣+5,VIP+0):謝謝 5-3 16:09
lei0736(金幣+5,VIP+0):謝謝 5-3 16:09
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【回4樓】 NAMD 可以處理SBC，可以參考namd2.7b1 user's guide 第54-55頁或 http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 0091200000000000000 以活性位點(diǎn)為中心，在半徑R1的球內(nèi)分子完全柔性或小的諧振子恢復(fù)力，R1-R2 加上大的恢復(fù)力，R2以外完全剛性。基于這個(gè)策略，在有效考慮體系重要部位的同時(shí)大大減小計(jì)算量，主要是減小了對(duì)溶劑的計(jì)算量。 PME只是用在PBC 上面，SBC 不需要PME。 [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 14:03 ] |
5樓2009-05-02 14:01:47
xpyp
木蟲 (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
recoli
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4樓2009-05-02 13:45:28
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