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bay__gulf金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
劉蘇州
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[交流]
【在線(xiàn)答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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看到這個(gè)板塊的在線(xiàn)答疑方式辦得很好，這里也盡自己的薄力給大家一些關(guān)于NAMD/VMD 原理及使用方面的幫助。 本帖旨在邀請(qǐng)各位朋友集中提問(wèn)和回答NAMD/VMD的問(wèn)題，歡迎每個(gè)蟲(chóng)子參與提問(wèn)與回答。我將盡可能的抽出時(shí)間來(lái)盡我所能回答該帖相關(guān)問(wèn)題。 注意： 1. 請(qǐng)回答問(wèn)題的蟲(chóng)子勿必回帖時(shí)注明：【回復(fù)__樓】； 2. 提問(wèn)的蟲(chóng)子們得到答案后應(yīng)該重新編輯自己的提問(wèn)帖，在下面附上：【已解決，答案見(jiàn)__樓】 namd/vmd 官網(wǎng)上的一些好東西，一個(gè)免費(fèi)軟件提供的服務(wù)比收費(fèi)軟件還要全面。 這里列幾個(gè)，不保證全。有些鏈接很深，需要仔細(xì)點(diǎn)找。 http://www.ks.uiuc.edu/ 首頁(yè) http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮點(diǎn)文章 ，可以索要，但不如看看網(wǎng)頁(yè)的介紹 http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分類(lèi)算例 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文檔，里面的鏈接最好都看看 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/ VMD Plugin Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/ VMD Script Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/ VMD-L Mailing List http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html 一些腳本，或許對(duì)你有用 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/ NamdWiki http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/ NAMD Mailing List http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推薦看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我還沒(méi)有看，誰(shuí)看完了講一下。 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements http://www.ks.uiuc.edu/Training/ Training http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html Case Studies http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Tutorials，那些pdf 和代碼，常更新。就是說(shuō)本來(lái)對(duì)你有用的可能下個(gè)月就找不到了 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ] |
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bay__gulf
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
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- 貴賓: 4.85
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- 在線(xiàn): 271小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 592012
- 注冊(cè): 2008-09-03
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4):謝謝 2010-03-29 10:29
lei0736(金幣+4):謝謝 2010-03-29 10:29
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mdbbs 我整理過(guò)一個(gè)教程 http://www.mdbbs.org/thread-13129-1-1.html UIUC也有兩個(gè) http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/forces/ http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/nanotubes/ 我們的課題有點(diǎn)類(lèi)似, 你留個(gè)qq |
152樓2010-03-27 17:46:24
xpyp
木蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
劉蘇州
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★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
recoli
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4樓2009-05-02 13:45:28
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