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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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看到這個(gè)板塊的在線答疑方式辦得很好，這里也盡自己的薄力給大家一些關(guān)于NAMD/VMD 原理及使用方面的幫助。 本帖旨在邀請(qǐng)各位朋友集中提問和回答NAMD/VMD的問題，歡迎每個(gè)蟲子參與提問與回答。我將盡可能的抽出時(shí)間來盡我所能回答該帖相關(guān)問題。 注意： 1. 請(qǐng)回答問題的蟲子勿必回帖時(shí)注明：【回復(fù)__樓】； 2. 提問的蟲子們得到答案后應(yīng)該重新編輯自己的提問帖，在下面附上：【已解決，答案見__樓】 namd/vmd 官網(wǎng)上的一些好東西，一個(gè)免費(fèi)軟件提供的服務(wù)比收費(fèi)軟件還要全面。 這里列幾個(gè)，不保證全。有些鏈接很深，需要仔細(xì)點(diǎn)找。 http://www.ks.uiuc.edu/ 首頁(yè) http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮點(diǎn)文章 ，可以索要，但不如看看網(wǎng)頁(yè)的介紹 http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分類算例 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文檔，里面的鏈接最好都看看 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/ VMD Plugin Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/ VMD Script Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/ VMD-L Mailing List http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html 一些腳本，或許對(duì)你有用 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/ NamdWiki http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/ NAMD Mailing List http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推薦看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我還沒有看，誰看完了講一下。 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements http://www.ks.uiuc.edu/Training/ Training http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html Case Studies http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Tutorials，那些pdf 和代碼，常更新。就是說本來對(duì)你有用的可能下個(gè)月就找不到了 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ] |
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involute
新蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 納電子器件
［回61］
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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非常感謝您的解答！ 我現(xiàn)在的打算是這樣，我希望用quantum chemistry的軟件對(duì)我的體系直接做ab initio計(jì)算，然后從中手工提取molecule mechanics的參數(shù)。 但現(xiàn)在有3個(gè)問題不清楚： 第一，我查了一下相關(guān)的文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)被引用最高的是J. A. C. S, vol 115, pp. 9389 (1993)，它是用上面方法做的，但問題是，它沒有給出怎么從ab initio計(jì)算結(jié)果提取molecule mechanics參數(shù)的詳細(xì)說明。是不是說，它默認(rèn)為這個(gè)很簡(jiǎn)單？比如可以從相關(guān)軟件的下拉菜單里，直接選中、完成？ 第二，仍然是上述文獻(xiàn)，它在table III里給出了Kb, Ktheta，但沒有給出dihedral和Kdihedral，是不是他用的不是SPARTAN軟件，所以沒能提取出這兩個(gè)參數(shù)？ 第三，我在namd的mailing list里問了，有人解答說，一般是用quantum chemistry計(jì)算，然后提取AMBER力場(chǎng)格式的參數(shù)。請(qǐng)問，您推薦哪款quantum chemistry軟件有這個(gè)提取功能？MOPAC？GAMESS？ 謝謝！ |
63樓2009-09-01 15:11:01
xpyp
木蟲 (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
recoli
金蟲 (正式寫手)
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4樓2009-05-02 13:45:28
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