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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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回復(fù)此樓
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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gwdavid(金幣+8,VIP+0):謝謝 9-15 21:42
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文中使用的 NCSA-DISCO 我沒有聽說過， 可能是那個年代太早，很多現(xiàn)在習(xí)以為常的方法還沒有出現(xiàn)吧， charmm，MMFF等等那時還沒有，gaissuan 也是92年才有成熟。 quantum mechanics 計算某個鍵的力場參數(shù)不算是難事。 改變某一自由度的數(shù)值，固定其它的量，得到energy profile， 就能擬合得到一個力場表達式了。 實現(xiàn)這個并不需要菜單， 那時候有計算機都是奢侈的，應(yīng)該不會吧有限資源浪費在GUI 上面。 遙想IBM 當(dāng)年，應(yīng)該還用OS/2 吧。 文獻處理了二面角的，方程2中的Φ 就是二面角， 處理方法和上面提到的一樣，和spartan 沒有關(guān)系。 如果力場中有些參數(shù)不存在，要用QM 計算 但一套力場的建立不是單純的計算若干分子中的參數(shù) 而是對所有的參數(shù)放在一起進行擬合，得到相互關(guān)聯(lián)的一整套 這些可能某一個同單獨計算相差很大 但系統(tǒng)地看來，正負誤差回抵消 這時，用QM 計算得到的或其它力場中的參數(shù)放過來并不一定適用 還有一個問題是，像charmm，amber 等力場，都是針對有機小分子生化分子建立的 對金屬，那些力場的形式可能就不適用 針對金屬有另一套的勢函數(shù)，如EAM等，COMPASS 力場也可以處理金屬 你可以關(guān)注一下這些 新手入門，上述評論僅作參考 |
65樓2009-09-01 18:47:26
xpyp
木蟲 (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
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