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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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回復此樓
請教PSF文件中關(guān)于IMPHI的寫法
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
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您好！ 我最近用topology_all27_na.inp生成DNA的PSF文件的時候發(fā)現(xiàn)，對于如下的IMPROPER： A—B—C ▏ D 在psf文件的IMPHI行，是寫成 B A C D的格式。但我查了一下NAMD關(guān)于bionano的一個tutorial，發(fā)現(xiàn)它給的sample DNA，對以上結(jié)構(gòu)，采取的寫法是 A C B D。 另外，我查看了一下，這個tutorial里面，PDB和PSF中，atom name，atom type均采取Amber的命名格式，因為它最后計算采取的parameter file是cornell.prm，里面的atom type是AMBER格式的。 所以，我現(xiàn)在碰到一個問題，直接采取top_all27_na.inp生成的IMPHI，在用cornell.prm參數(shù)運行NAMD時，它報錯，因為不認識B A C D，所以找不到B A C D的參數(shù)。 我想請教一下，是不是因為top_all27_na.inp采取的是CHARMM格式，而cornell.prm采取的是Amber格式，所以它們對IMPROPER的四個原子排列順序不一樣？ 如果是那樣，我個人打算采取的解決方案是，直接修改top_all27_na.inp里面每個residue對IMPR的格式定義，使其跟cornell.prm一致，但我不知道這樣會不會有別的意想不到的問題。 ps：我的專業(yè)背景是微電子類，對生物知道的很少。請多多賜教！ 謝謝！ |
84樓2009-09-24 11:15:41
2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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- 管轄: 分子模擬
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
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