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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 【在線答疑】關于NAMD/VMD
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| 查看: 11847 | 回復: 210 | |||
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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關于NAMD/VMD 已有27人參與
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回復此樓
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
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- 貴賓: 4.85
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- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金幣+5,VIP+0):謝謝！ 9-29 16:07
zeoliters(金幣+3,VIP+0):多謝回帖交流！ 12-25 16:43
gwdavid(金幣+5,VIP+0):謝謝！ 9-29 16:07
zeoliters(金幣+3,VIP+0):多謝回帖交流！ 12-25 16:43
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amber 力場用于處理核酸，charmm力場用于處理蛋白質，這個算是個"潛規(guī)則"吧，但不是絕對要遵循的。 amber的形式同charmm 還有些不同，bionano例中應該是在charmm 的形式上借用了amber的參數(shù)。那個impr 的確有問題，需要手工修改。作者可能修改過了，在大多數(shù)的psf 文件開頭都有 REMARKS topology cornell.rtf ，可惜這個神秘的cornell.rtf 沒有在例中出現(xiàn)。 一套力場參數(shù)是經(jīng)過反復擬合得到的，不同力場間的參數(shù)并不是完全通用。而charmm力場是namd 的原生力場，支持最好，且charmm 中同樣有全套的核酸的力場參數(shù)，可以用這個。 amber 用在namd 中要經(jīng)過比較復雜的設置。 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html [ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 12:39 ] |
85樓2009-09-24 12:38:29
2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
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