 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 9/1 | 返回列表 |
| 查看: 11889 | 回復(fù): 210 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
|
[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
|
||
回復(fù)此樓
involute
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1
- 帖子: 12
- 在線: 13分鐘
- 蟲號: 773850
- 注冊: 2009-05-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 納電子器件
回復(fù)：85
★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
|
非常感謝您的及時(shí)回答！ 我仔細(xì)看過了，在topology_all27_na里面，對于A，T，C，G，只定義了兩個Improper；而在bionano-tutorial里面，那個sample DNA的psf中，定義了5個，即凡是跟周圍三個原子成鍵的原子，它都以此為中心，定義了一個improper。 這樣看來，CHARMM和Amber對參數(shù)的定義，還有擬合方式是很不一樣的。 所以，我決定還是修改topology_all27這個文件，直到最后得到的psf文件跟tutorial里面給出的sample DNA一致。 感謝你的指教！ |
86樓2009-09-24 14:00:31
xpyp
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 451.2
- 帖子: 176
- 在線: 974.5小時(shí)
- 蟲號: 395041
- 注冊: 2007-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時(shí)
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
|
【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
4樓2009-05-02 13:45:28
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 273求調(diào)劑 +8 | 李芷新1 2026-03-31 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿西安交大材料學(xué)碩（英一數(shù)二）347，求調(diào)劑到高分子/材料相關(guān)專業(yè) +4 | zju51 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +10 | liziyeyeye 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | 篤行致遠(yuǎn). 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
[考研] 一志愿南師大0703化學(xué) 275求調(diào)劑 +5 | Ripcord上岸 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +12 | 小黃鴨寶 2026-03-30 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑：085600材料與化工，考材科基，總分319 +16 | 678lucky 2026-03-31 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +8 | 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 張芳銘-中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專碩-298 +9 | 手機(jī)用戶 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 367求調(diào)劑 +7 | 芋泥啵�！� 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +13 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑 +11 | 景隨風(fēng) 2026-03-29 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 370求調(diào)劑 +3 | 080700調(diào)劑 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +9 | @taotao 2026-03-29 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +6 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +14 | junqihahaha 2026-03-26 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 085602 化工專碩 338分 求調(diào)劑 +12 | 路癡小琪 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑 +16 | minht 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 一志愿211院校 344分 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)學(xué)碩，求調(diào)劑 +5 | 丶風(fēng)雪夜歸人丶 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[論文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 | Russ_ss 2026-03-25 | 5/250 |
|