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bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
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看到這個(gè)板塊的在線答疑方式辦得很好，這里也盡自己的薄力給大家一些關(guān)于NAMD/VMD 原理及使用方面的幫助。 本帖旨在邀請(qǐng)各位朋友集中提問(wèn)和回答NAMD/VMD的問(wèn)題，歡迎每個(gè)蟲子參與提問(wèn)與回答。我將盡可能的抽出時(shí)間來(lái)盡我所能回答該帖相關(guān)問(wèn)題。 注意： 1. 請(qǐng)回答問(wèn)題的蟲子勿必回帖時(shí)注明：【回復(fù)__樓】； 2. 提問(wèn)的蟲子們得到答案后應(yīng)該重新編輯自己的提問(wèn)帖，在下面附上：【已解決，答案見(jiàn)__樓】 namd/vmd 官網(wǎng)上的一些好東西，一個(gè)免費(fèi)軟件提供的服務(wù)比收費(fèi)軟件還要全面。 這里列幾個(gè)，不保證全。有些鏈接很深，需要仔細(xì)點(diǎn)找。 http://www.ks.uiuc.edu/ 首頁(yè) http://www.ks.uiuc.edu/Highlights/index.cgi 一些亮點(diǎn)文章 ，可以索要，但不如看看網(wǎng)頁(yè)的介紹 http://www.ks.uiuc.edu/Research/Categories/ 一些分類算例 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html vmd文檔，里面的鏈接最好都看看 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/ VMD Plugin Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/ VMD Script Library http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/ VMD-L Mailing List http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html 一些腳本，或許對(duì)你有用 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ NAMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/wiki/ NamdWiki http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/ NAMD Mailing List http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/documentation.html NAMD Documentation，推薦看一下NAMD 1.5 Programmer's Guide ，我還沒(méi)有看，誰(shuí)看完了講一下。 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/announcements.html NAMD Announcements http://www.ks.uiuc.edu/Training/ Training http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html Case Studies http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Tutorials，那些pdf 和代碼，常更新。就是說(shuō)本來(lái)對(duì)你有用的可能下個(gè)月就找不到了 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 18:04 ] |
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arthurii
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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用網(wǎng)上下的top_all27_na.rtf生成DNA的結(jié)構(gòu)文件，看到那塊PRES DEO2，以為是自動(dòng)脫氧了，結(jié)果昨完才發(fā)現(xiàn)核酸沒(méi)脫氧。然后加了patch的指令，又識(shí)別不了chain編號(hào)了。請(qǐng)教下面的代碼中有些什么問(wèn)題？我之前做了一次修改參數(shù)，自己加patch的那個(gè)tutorial，也是這樣子的，但是那時(shí)候卻可以……請(qǐng)不吝賜教 psf生成腳本： segment G4 { pdb g4-pro.pdb} patch DEO2 G4:X coordpdb g4-pro.pdb G4 guesscoord writepsf g4.psf writepdb g4.pdb VMD錯(cuò)誤信息： aliasing residue THY atom H73 to H53 building segment G4 reading residues from pdb file g4-pro.pdb extracted 28 residues from pdb file Info: generating structure... Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O2P at beginning of segment. Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O1P at beginning of segment. Info: skipping conformation O3'-P-O5'-C5' at beginning of segment. ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24 Info: segment complete. applying patch DEO2 to 1 residues no residue X of segment G4 ERROR: failed to apply patch MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over. 需要上傳文件的話也行，不過(guò)上傳論壇下載要扣BB……求助要?jiǎng)e人出BB不太好，要的話我傳上網(wǎng)盤 |
95樓2009-10-11 12:08:06
xpyp
木蟲 (小有名氣)
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2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
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【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
recoli
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4樓2009-05-02 13:45:28
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