 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 10/1 | 返回列表 |
| 查看: 11886 | 回復(fù): 210 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
bay__gulf金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
|
[交流]
【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD 已有27人參與
|
||
回復(fù)此樓
chcwaaa
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2803.5
- 散金: 100
- 帖子: 598
- 在線: 67.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 123681
- 注冊(cè): 2005-12-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 工程熱物理相關(guān)交叉領(lǐng)域
★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
|
你好！請(qǐng)教個(gè)問題。 我做了個(gè)簡(jiǎn)單的冰的融化，用的是NVT，但是最后得到的體積增大了，不知道是什么原因？ NAMD的結(jié)果文件里出現(xiàn)的volume和尺寸以及origin等都是與設(shè)置的一樣。但我在VMD里，讀入最后生成的coor文件，然后measure minmax $selection; vecsub {max}{min},得到的三個(gè)方向的尺寸與文件中設(shè)置的不同。 conf 文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # a glucose water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ice-192-2.2.4.psf coordinates ice-192-2.2.4.pdb set temperature 300 set pressure 1.01325 set outputname ice-192-2.2.4-water firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../par_all36_carb.prm #set velocities seed 12345678 temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14 switching on switchdist 12. pairlistdist 16. margin 0 splitPatch hydrogen #Atoms outside pairlistdist will stay outside cutoff for 10 steps stepspercycle 10 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step #相當(dāng)于LAMMPS里面的fix shake,如果useSettle on,不用shake rigidBonds all ;# needed for 2fs steps rigidIterations 50 rigidTolerance 1e-8 useSettle off nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 34.81999969482422 0. 0. cellBasisVector2 0. 27.8439998626709 0. cellBasisVector3 0. 0 90.89199829101563 cellOrigin 17.41010856628418 13.92199993133545 45.4456672668457 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMETolerance 1e-6 PMEGridSizeX 128 PMEGridSizeY 128 PMEGridSizeZ 128 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds # Output outputName $outputname binaryoutput no binaryrestart no restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 velDCDFreq 1000 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 300000 ;# 1ns 最初的PDB文件和最后的結(jié)果文件COOR，在壓縮包里。 如果你能抽時(shí)間看下，非常感謝！ |
97樓2009-10-25 20:59:21
xpyp
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 451.2
- 帖子: 176
- 在線: 974.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 395041
- 注冊(cè): 2007-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
2樓2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時(shí)
- 蟲號(hào): 592012
- 注冊(cè): 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 又添猛將 5-3 16:09
|
【回2樓】 可以，比如下面這篇文獻(xiàn) Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3樓2009-05-02 13:13:06
recoli
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2547.2
- 紅花: 2
- 帖子: 553
- 在線: 92.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 253003
- 注冊(cè): 2006-05-20
4樓2009-05-02 13:45:28
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)354求調(diào)劑 +7 | 101次希望 2026-03-28 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | Lyy930824@ 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +8 | 楒桉 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | QiMing7 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +12 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 2026年華南師范大學(xué)歡迎化學(xué)，化工，生物，生醫(yī)工等專業(yè)優(yōu)秀學(xué)子加入！ +3 | llss0711 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +8 | AZMK 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +7 | A child 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7 | 閆旭東 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +5 | 1428151015 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程求調(diào)劑 +9 | 多久上課 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 起個(gè)名咋這么難 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | .m.. 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機(jī)械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化315 求調(diào)劑 +3 | akrrain 2026-03-24 | 3/150 |
|