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peakyu
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[交流]
【求助】怎樣做好藥物設(shè)計(jì)及合成 已有5人參與
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大家好，本人以后要做藥物合成，是關(guān)于某一酶抑制劑合成方向的，現(xiàn)在大部分的方法是以某一母體為基礎(chǔ)進(jìn)行衍生物的合成，然后進(jìn)行活性測(cè)試，但這樣有時(shí)候真的很盲目，好不容易作出衍生物，活性有時(shí)候并不一定好，而且論文的原創(chuàng)性也差�，F(xiàn)在想請(qǐng)教大家，假設(shè)我有該母體的部分衍生物及其活性，包括相應(yīng)的酶，我是否可以通過計(jì)算機(jī)模擬處理進(jìn)行下一步的藥物設(shè)計(jì)或者通過計(jì)算說明活性等構(gòu)效關(guān)系，如果行的話，現(xiàn)在我應(yīng)該先學(xué)習(xí)哪些軟件，謝謝大家�。�！不勝感激。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:16 ] |
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4樓2009-06-08 23:16:16
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（1）PDB中能找到酶的晶體結(jié)構(gòu)的話，可以用分子對(duì)接方法試一下 （2）有了一定數(shù)量的結(jié)構(gòu)/活性數(shù)據(jù)的時(shí)候，可以做QSAR，2D或3D均可 軟件有很多，手頭有哪種，或者能買得起哪一種，就用哪一種。用什么軟件并不重要，重要的是你得有一個(gè)思路 要設(shè)計(jì)某一酶的抑制劑，你先得對(duì)市面上/文獻(xiàn)中現(xiàn)有的抑制劑類型作一個(gè)全面的調(diào)研，它們有什么共性（藥效團(tuán)，物理化學(xué)性質(zhì)），覆蓋了那些骨架，你能不能把Scaffold Hopping一下。 你還得對(duì)酶的性質(zhì)了如指掌，有沒有酶或復(fù)合物的晶體結(jié)構(gòu)，有沒有定點(diǎn)突變方面的研究，活性口袋什么形狀，有哪些關(guān)鍵殘基，有哪些關(guān)鍵作用。。。 什么？你是搞有機(jī)合成的，藥物化學(xué)不懂，也沒關(guān)系，你一看這個(gè)母體結(jié)構(gòu)，就知道哪幾個(gè)位置是比較容易上取代基的，好，每個(gè)位置分別上一個(gè)立體位阻大的和小的，電負(fù)性大的/小的，組合起來，合成十幾二十個(gè)化合物，讓生物的去測(cè)去，測(cè)完結(jié)果放在一表里，你對(duì)著這個(gè)表猛看，看了十天八天以后，你就有了一個(gè) hypothesis: 哦，這里要放一個(gè)大基團(tuán)，哪里要放一個(gè)親電的，這就是人肉QSAR。然后你再設(shè)計(jì)幾個(gè)化合物，再去測(cè)活性，結(jié)果回來一看，哦，大基團(tuán)也不能太大，你修正了你的hypothesis,又重新設(shè)計(jì)了幾個(gè)化合物。。。。 |
5樓2009-06-09 09:52:28
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