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[交流]
【求助】ATK Linux并行運(yùn)算lisence問題 已有1人參與
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| ATK 2008.10.0 Linux版，我查看了自己的lisence文件，里面只有一個(gè)slave lisence的序列號，這是不是意味著不能進(jìn)行并行運(yùn)算？除非我再有一個(gè)slave lisence的序列號？ |
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 ATK和電子輸運(yùn) | transport |
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2樓2009-06-18 20:21:50
【問題解決】
★ ★ ★ ★ ★
zdhlover(金幣+5,VIP+0):謝謝交流反饋，歡迎常來，呵呵 6-19 18:20
zdhlover(金幣+5,VIP+0):謝謝交流反饋，歡迎常來，呵呵 6-19 18:20
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先介紹一下我的系統(tǒng)情況，Centos，MPICH，intel-i7-920，物理四核，邏輯八核。我要完成的任務(wù)是保證ATK在單機(jī)上并行使用到多個(gè)CPU。 下面介紹ATK lisence的構(gòu)造，只要lisence里有master lisence和slave lisence號，就表明這個(gè)lisence是可以并行運(yùn)算的。和slave lisence的個(gè)數(shù)無關(guān)。只有當(dāng)時(shí)多臺機(jī)器，也就說是一個(gè)集群組的時(shí)候，我們才需要在每一臺單個(gè)機(jī)器上安裝不同的ATK lisence。 注意，這里需要強(qiáng)調(diào)，單機(jī)Multi CPU并行運(yùn)算，只需要一個(gè)lisence。多機(jī)集群組并行運(yùn)算，需要每臺機(jī)子都裝有不同的lisence。但是其實(shí)兩者效果是一樣的，因?yàn)榧词故羌航M，每次也只有一個(gè)CPU在跑。。。 明白這個(gè)道理，我就完全可以在自己的電腦上并行跑ATK了。首先我要使用 mpd & 命令來調(diào)動(dòng)起MPI 接下來，按照manual上所說的，用以下命令 mpirun -np 2(你想開的CPU個(gè)數(shù)) /$ATK_DIR(自己安裝atk目錄)/bin/atk **.py > **.log & 這里建議將輸出文件pipeout到另外一個(gè)文件中 最后，為了驗(yàn)證是否有多核在跑，運(yùn)行查看命令 ps(或者top) 會發(fā)現(xiàn)，有多個(gè)atk, atk_exec進(jìn)程。同時(shí)打開CPU管理器，也可以看到多個(gè)CPU在同時(shí)工作。 并行的威力非常大，我試驗(yàn)了manual的femgofe程序，并行情況下spin-up和spin-dn只用了一個(gè)小時(shí)不到跑完，但是串行跑了10小時(shí)還沒有完成。。。。差距啊。。。 |
3樓2009-06-20 14:07:30
yjr
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4樓2009-06-20 20:54:27
zhangguangping
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| 樓主能把你的license發(fā)給我一份嗎？我想用一下2008.10.0 Linux版本的ATK ！我的機(jī)器是64位的！license不會分多少位的吧？謝謝！我的郵箱zgp121@126.com |
5樓2010-04-02 21:12:31
zhangguangping
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樓主安裝mpich2的的時(shí)候安裝完了，還要做什么設(shè)置嗎？我現(xiàn)在安裝完了，并且能過測試?yán)樱?br /> mpirun -np 8 /home/atk/tmp/mpich2-1.2.1/examples/cpi Process 4 of 8 is on cl240 Process 0 of 8 is on cl240 Process 5 of 8 is on cl240 Process 7 of 8 is on cl240 Process 2 of 8 is on cl240 Process 3 of 8 is on cl240 Process 1 of 8 is on cl240 Process 6 of 8 is on cl240 pi is approximately 3.1415926544231247, Error is 0.0000000008333316 wall clock time = 0.299681 是不是證明我的mpich2已經(jīng)安裝好了啊。 但是我mpirun -np 8 atk *.py & 時(shí)出現(xiàn)老多錯(cuò)誤�。� 象如： Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar)Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) Separation (Angstrom) Total Energy (eV) Spin (hbar) mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & mpiexec_cl239 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null 這只是一個(gè)片段。所以我想知道，我那個(gè)地方么有設(shè)置好嗎？還有就是為什么多核并行的時(shí)候相同的內(nèi)容輸出多遍呢？ 謝謝！ |
6樓2010-05-22 12:11:05
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