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slz0811

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[交流] 【求助完結(jié)】Linux系統(tǒng)下MS5.5的并行計(jì)算調(diào)度問題

先介紹下我們課題組，太原理工大學(xué) 煤科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室王寶俊教授
詳細(xì)見：http://qcc.tyut.edu.cn/

我們以前是在window下使用MS，新買了VASP，同時(shí)購買了3臺(tái)32核的服務(wù)器（Linux），并行計(jì)算。

現(xiàn)在我使用的是Linux系統(tǒng)下的MS5.5。遇到一些問題，如下：

當(dāng)我在提交一個(gè)任務(wù)96個(gè)核，3臺(tái)能很好的分配運(yùn)行。

當(dāng)我提交6個(gè)任務(wù)，每個(gè)任務(wù)8核，48個(gè)核都在第一臺(tái)上算，有6個(gè)核沒自動(dòng)分配到第二臺(tái)運(yùn)行。這樣效率很低，第二三臺(tái)就空著呢。

怎么才能使48核的任務(wù)，32核在第一臺(tái)，剩下16核在第二臺(tái)算，如何設(shè)置？

我們有曙光調(diào)度系統(tǒng)，如圖，這個(gè)能解決問題不？
問題沒解決啊，看來等下次培訓(xùn)時(shí)再看吧。

[ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ]

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sunyang1988

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slz0811(金幣+20): 謝謝指點(diǎn)！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48

沒怎么用過MS，就說怎么通過MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對(duì)應(yīng)的project，比如名字是aaa，則進(jìn)入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打開這個(gè)名為xxx的cell文件，這里xxx是你結(jié)構(gòu)的名字。注意這個(gè)文件是隱藏文件
然后根據(jù)vasp的格式修改該這個(gè)文件就可以用作POSCAR
vasp其他輸入文件與ms沒有關(guān)系，自己寫就可以

[ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ]

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2樓2011-04-08 13:31:59

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zzy870720z

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★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57

你的前兩個(gè)問題應(yīng)該是差不多的，ms如果你要跨節(jié)點(diǎn)計(jì)算，最好使用作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)，MS好像對(duì)gridview調(diào)度系統(tǒng)不是很支持，當(dāng)然你用腳本的話應(yīng)該可以，像你說的6個(gè)8核的作業(yè)提交上后都在第一個(gè)節(jié)點(diǎn)算就是這個(gè)原因，并且你的第一個(gè)節(jié)點(diǎn)的6個(gè)作業(yè)可能占用PCU都不到100%。

關(guān)于腳本，最好咨詢一下曙光的工程師或是參考一些曙光的作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的一些模板，然后根據(jù)你自己的需要，網(wǎng)上也有一些ms作業(yè)的模板的，可以參考一下，比如下面的
http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm
不過需要自己修改一下

最后一個(gè)，沒有說ms的設(shè)置直接轉(zhuǎn)化為VASP的輸入這么一說，要是可以這樣，大家都多省事，軟件不同，設(shè)置的參數(shù)也會(huì)不同的，不是簡單的轉(zhuǎn)化就可以的，一般提供的轉(zhuǎn)化也就停留在數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)化上，也就是坐標(biāo)文件的轉(zhuǎn)化上，VASP的輸入還是建議自己摸索一下，對(duì)你以后的計(jì)算很有幫助的，樓上的就是告訴你如何做POSCAR的過程，站內(nèi)關(guān)于VASP的輸入有很多討論，可以看看，或許對(duì)你有幫助

最后祝你早日解決:
)

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3樓2011-04-08 14:43:31

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slz0811(金幣+5): 多謝交流。 2011-04-08 15:11:34
zzy870720z(金幣+1): 謝謝建議 2011-04-09 00:12:44

引用回帖:

Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-08 13:31:59:
沒怎么用過MS，就說怎么通過MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對(duì)應(yīng)的project，比如名字是aaa ...

為什么不保存為pdb格式呢？那樣不是更容易修改成poscar嗎？

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4樓2011-04-08 14:59:31

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準(zhǔn)備作業(yè)提交腳本：

cat msi.pbs

#PBS -N model

#PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -q high

project_name=model

cd $PBS_O_WORKDIR

rm .machine

rm APPFILE

rm $project_name.castep

NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`

$MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name"

/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE

這個(gè)腳本怎么修改呢？需要修改哪些行？

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5樓2011-04-08 16:23:48

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zzy870720z(金幣+1): 謝謝提示 2011-04-09 00:12:53
slz0811(金幣+5): 謝謝交流，我們這都是正版的。 2011-04-09 11:01:54

你的軟件什么地方買的，不如直接去問客服吧，應(yīng)該有更詳細(xì)的說明，instruction一直是最好用的工具書

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6樓2011-04-08 22:16:42

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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指點(diǎn)，還沒聽過GRIDVIEW，那就不用改了，呵呵 2011-04-09 09:53:00
slz0811(金幣+30): 謝謝交流，前幾天，徐光憲的一個(gè)學(xué)生還來給我們調(diào)試了下。還是有點(diǎn)問題。 2011-04-09 11:10:12

曙光的GRIDVIEW其實(shí)就是OPENPBS的漢化版
無他

zzy870720z 給了不錯(cuò)的建議
就是那個(gè)連接（但沒仔細(xì)看，不清楚是否能解決問題）

至于找曙光的工程師
估計(jì)可能性不大
否則這個(gè)腳本早就給你了

MS這個(gè)問題的確需要調(diào)度系統(tǒng)的支持
而MS4.4 5.5的提交方式是不同的
據(jù)我所知4.4的方式不適用在5.5

這個(gè)問題比較普遍
如果你們資金滿足可以尋求專門做調(diào)度系統(tǒng)的公司提供幫助

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7樓2011-04-09 08:25:27

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sunyang1988(金幣+1): 謝謝交流 2011-04-09 20:05:21

徐光憲的學(xué)生可就多了。。
據(jù)我所知北大徐光憲在的那個(gè)組不用MS啊
VASP倒是用的

如果能解決任務(wù)分配的問題就OK了
其他應(yīng)該不是什么大問題

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8樓2011-04-09 11:28:00

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slz0811(金幣+2): 謝謝交流，是的。 2011-04-10 10:46:09

正版的應(yīng)該有客服的，你們公司買的？最近我們也要升級(jí)了

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9樓2011-04-09 23:27:05

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我以前遇到過類似情況，琢磨過一個(gè)辦法把任務(wù)分到幾臺(tái)機(jī)上，就是改CASTEP/share/data 下的machines.LINUX 文件，不知適用否。
比如我原來是
n001:4
n002:4
n003:4
n004:4
可是送一個(gè)4核的任務(wù)就這有一臺(tái)機(jī)跑，后來我改成
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n004:2
n001:2
n002:2
n003:2
n004:2
這樣一來，送4核人任務(wù)就用001和002兩臺(tái)機(jī)器了。

[ Last edited by babaleo on 2011-4-10 at 07:56 ]

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10樓2011-04-10 07:55:10

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現(xiàn)在就剩并行計(jì)算時(shí)調(diào)度問題了。誰會(huì)的指導(dǎo)下。

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11樓2011-04-15 15:45:33

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12樓2011-05-28 18:36:09

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kylafree

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

能問下你們的機(jī)器多少錢一臺(tái)嗎

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13樓2012-08-03 11:27:10

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