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[交流]
【求助完結(jié)】Linux系統(tǒng)下MS5.5的并行計(jì)算調(diào)度問(wèn)題
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先介紹下我們課題組，太原理工大學(xué) 煤科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 王寶俊教授 詳細(xì)見(jiàn)：http://qcc.tyut.edu.cn/ 我們以前是在window下使用MS，新買了VASP，同時(shí)購(gòu)買了3臺(tái)32核的服務(wù)器（Linux），并行計(jì)算。 現(xiàn)在我使用的是Linux系統(tǒng)下的MS5.5。遇到一些問(wèn)題，如下： 當(dāng)我在提交一個(gè)任務(wù)96個(gè)核，3臺(tái)能很好的分配運(yùn)行。 當(dāng)我提交6個(gè)任務(wù)，每個(gè)任務(wù)8核，48個(gè)核都在第一臺(tái)上算，有6個(gè)核沒(méi)自動(dòng)分配到第二臺(tái)運(yùn)行。這樣效率很低，第二三臺(tái)就空著呢。 怎么才能使48核的任務(wù)，32核在第一臺(tái)，剩下16核在第二臺(tái)算，如何設(shè)置？ 我們有曙光調(diào)度系統(tǒng)，如圖，這個(gè)能解決問(wèn)題不？ 問(wèn)題沒(méi)解決啊，看來(lái)等下次培訓(xùn)時(shí)再看吧。 [ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ] |
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kylafree
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13樓2012-08-03 11:27:10
sunyang1988
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slz0811(金幣+20): 謝謝指點(diǎn)！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48
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沒(méi)怎么用過(guò)MS，就說(shuō)怎么通過(guò)MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧 在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files 然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對(duì)應(yīng)的project，比如名字是aaa，則進(jìn)入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打開(kāi)這個(gè)名為xxx的cell文件，這里xxx是你結(jié)構(gòu)的名字。注意這個(gè)文件是隱藏文件 然后根據(jù)vasp的格式修改該這個(gè)文件就可以用作POSCAR vasp其他輸入文件與ms沒(méi)有關(guān)系，自己寫就可以 [ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ] |
2樓2011-04-08 13:31:59
zzy870720z
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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57
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你的前兩個(gè)問(wèn)題應(yīng)該是差不多的，ms如果你要跨節(jié)點(diǎn)計(jì)算，最好使用作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)，MS好像對(duì)gridview調(diào)度系統(tǒng)不是很支持，當(dāng)然你用腳本的話應(yīng)該可以，像你說(shuō)的6個(gè)8核的作業(yè)提交上后都在第一個(gè)節(jié)點(diǎn)算就是這個(gè)原因，并且你的第一個(gè)節(jié)點(diǎn)的6個(gè)作業(yè)可能占用PCU都不到100%。 關(guān)于腳本，最好咨詢一下曙光的工程師或是參考一些曙光的作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的一些模板，然后根據(jù)你自己的需要，網(wǎng)上也有一些ms作業(yè)的模板的，可以參考一下，比如下面的 http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm 不過(guò)需要自己修改一下 最后一個(gè)，沒(méi)有說(shuō)ms的設(shè)置直接轉(zhuǎn)化為VASP的輸入這么一說(shuō)，要是可以這樣，大家都多省事，軟件不同，設(shè)置的參數(shù)也會(huì)不同的，不是簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)化就可以的，一般提供的轉(zhuǎn)化也就停留在數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)化上，也就是坐標(biāo)文件的轉(zhuǎn)化上，VASP的輸入還是建議自己摸索一下，對(duì)你以后的計(jì)算很有幫助的，樓上的就是告訴你如何做POSCAR的過(guò)程，站內(nèi)關(guān)于VASP的輸入有很多討論，可以看看，或許對(duì)你有幫助 最后祝你早日解決: ) |
3樓2011-04-08 14:43:31
4樓2011-04-08 14:59:31
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