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slz0811

木蟲 (小有名氣)

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[交流] 【求助完結(jié)】Linux系統(tǒng)下MS5.5的并行計(jì)算調(diào)度問題

先介紹下我們課題組，太原理工大學(xué) 煤科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室王寶俊教授
詳細(xì)見：http://qcc.tyut.edu.cn/

我們以前是在window下使用MS，新買了VASP，同時(shí)購買了3臺32核的服務(wù)器（Linux），并行計(jì)算。

現(xiàn)在我使用的是Linux系統(tǒng)下的MS5.5。遇到一些問題，如下：

當(dāng)我在提交一個(gè)任務(wù)96個(gè)核，3臺能很好的分配運(yùn)行。

當(dāng)我提交6個(gè)任務(wù)，每個(gè)任務(wù)8核，48個(gè)核都在第一臺上算，有6個(gè)核沒自動分配到第二臺運(yùn)行。這樣效率很低，第二三臺就空著呢。

怎么才能使48核的任務(wù)，32核在第一臺，剩下16核在第二臺算，如何設(shè)置？

我們有曙光調(diào)度系統(tǒng)，如圖，這個(gè)能解決問題不？
問題沒解決啊，看來等下次培訓(xùn)時(shí)再看吧。

[ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ]

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1樓 2011-04-08 12:26:49

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zzy870720z

榮譽(yù)版主 (文壇精英)

★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57

你的前兩個(gè)問題應(yīng)該是差不多的，ms如果你要跨節(jié)點(diǎn)計(jì)算，最好使用作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)，MS好像對gridview調(diào)度系統(tǒng)不是很支持，當(dāng)然你用腳本的話應(yīng)該可以，像你說的6個(gè)8核的作業(yè)提交上后都在第一個(gè)節(jié)點(diǎn)算就是這個(gè)原因，并且你的第一個(gè)節(jié)點(diǎn)的6個(gè)作業(yè)可能占用PCU都不到100%。

關(guān)于腳本，最好咨詢一下曙光的工程師或是參考一些曙光的作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的一些模板，然后根據(jù)你自己的需要，網(wǎng)上也有一些ms作業(yè)的模板的，可以參考一下，比如下面的
http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm
不過需要自己修改一下

最后一個(gè)，沒有說ms的設(shè)置直接轉(zhuǎn)化為VASP的輸入這么一說，要是可以這樣，大家都多省事，軟件不同，設(shè)置的參數(shù)也會不同的，不是簡單的轉(zhuǎn)化就可以的，一般提供的轉(zhuǎn)化也就停留在數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)化上，也就是坐標(biāo)文件的轉(zhuǎn)化上，VASP的輸入還是建議自己摸索一下，對你以后的計(jì)算很有幫助的，樓上的就是告訴你如何做POSCAR的過程，站內(nèi)關(guān)于VASP的輸入有很多討論，可以看看，或許對你有幫助

最后祝你早日解決:
)

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3樓2011-04-08 14:43:31

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sunyang1988

至尊木蟲 (著名寫手)

★ ★
slz0811(金幣+20): 謝謝指點(diǎn)！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48

沒怎么用過MS，就說怎么通過MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對應(yīng)的project，比如名字是aaa，則進(jìn)入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打開這個(gè)名為xxx的cell文件，這里xxx是你結(jié)構(gòu)的名字。注意這個(gè)文件是隱藏文件
然后根據(jù)vasp的格式修改該這個(gè)文件就可以用作POSCAR
vasp其他輸入文件與ms沒有關(guān)系，自己寫就可以

[ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ]

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2樓2011-04-08 13:31:59

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phys

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★
slz0811(金幣+5): 多謝交流。 2011-04-08 15:11:34
zzy870720z(金幣+1): 謝謝建議 2011-04-09 00:12:44

引用回帖:

Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-08 13:31:59:
沒怎么用過MS，就說怎么通過MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對應(yīng)的project，比如名字是aaa ...

為什么不保存為pdb格式呢？那樣不是更容易修改成poscar嗎？

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4樓2011-04-08 14:59:31

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準(zhǔn)備作業(yè)提交腳本：

cat msi.pbs

#PBS -N model

#PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -q high

project_name=model

cd $PBS_O_WORKDIR

rm .machine

rm APPFILE

rm $project_name.castep

NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`

$MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name"

/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE

這個(gè)腳本怎么修改呢？需要修改哪些行？

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5樓2011-04-08 16:23:48

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