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[交流]
【求助完結(jié)】Linux系統(tǒng)下MS5.5的并行計算調(diào)度問題
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先介紹下我們課題組，太原理工大學(xué) 煤科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室 王寶俊教授 詳細(xì)見：http://qcc.tyut.edu.cn/ 我們以前是在window下使用MS，新買了VASP，同時購買了3臺32核的服務(wù)器（Linux），并行計算。 現(xiàn)在我使用的是Linux系統(tǒng)下的MS5.5。遇到一些問題，如下： 當(dāng)我在提交一個任務(wù)96個核，3臺能很好的分配運(yùn)行。 當(dāng)我提交6個任務(wù)，每個任務(wù)8核，48個核都在第一臺上算，有6個核沒自動分配到第二臺運(yùn)行。這樣效率很低，第二三臺就空著呢。 怎么才能使48核的任務(wù)，32核在第一臺，剩下16核在第二臺算，如何設(shè)置？ 我們有曙光調(diào)度系統(tǒng)，如圖，這個能解決問題不？ 問題沒解決啊，看來等下次培訓(xùn)時再看吧。 [ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ] |
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sunyang1988
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slz0811(金幣+20): 謝謝指點(diǎn)！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指教 2011-04-08 14:31:48
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沒怎么用過MS，就說怎么通過MS建模導(dǎo)出vasp的POSCAR吧 在MS下建好模型，點(diǎn)擊Modules->CASTEP->Files->save Files 然后在我的文檔->Materials Studio Projects中進(jìn)入所對應(yīng)的project，比如名字是aaa，則進(jìn)入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打開這個名為xxx的cell文件，這里xxx是你結(jié)構(gòu)的名字。注意這個文件是隱藏文件 然后根據(jù)vasp的格式修改該這個文件就可以用作POSCAR vasp其他輸入文件與ms沒有關(guān)系，自己寫就可以 [ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ] |
2樓2011-04-08 13:31:59
zzy870720z
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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57
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slz0811(金幣+60): 謝謝指點(diǎn)。 2011-04-08 15:10:57
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你的前兩個問題應(yīng)該是差不多的，ms如果你要跨節(jié)點(diǎn)計算，最好使用作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)，MS好像對gridview調(diào)度系統(tǒng)不是很支持，當(dāng)然你用腳本的話應(yīng)該可以，像你說的6個8核的作業(yè)提交上后都在第一個節(jié)點(diǎn)算就是這個原因，并且你的第一個節(jié)點(diǎn)的6個作業(yè)可能占用PCU都不到100%。 關(guān)于腳本，最好咨詢一下曙光的工程師或是參考一些曙光的作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的一些模板，然后根據(jù)你自己的需要，網(wǎng)上也有一些ms作業(yè)的模板的，可以參考一下，比如下面的 http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm 不過需要自己修改一下 最后一個，沒有說ms的設(shè)置直接轉(zhuǎn)化為VASP的輸入這么一說，要是可以這樣，大家都多省事，軟件不同，設(shè)置的參數(shù)也會不同的，不是簡單的轉(zhuǎn)化就可以的，一般提供的轉(zhuǎn)化也就停留在數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)化上，也就是坐標(biāo)文件的轉(zhuǎn)化上，VASP的輸入還是建議自己摸索一下，對你以后的計算很有幫助的，樓上的就是告訴你如何做POSCAR的過程，站內(nèi)關(guān)于VASP的輸入有很多討論，可以看看，或許對你有幫助 最后祝你早日解決: ) |
3樓2011-04-08 14:43:31
4樓2011-04-08 14:59:31
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準(zhǔn)備作業(yè)提交腳本： cat msi.pbs #PBS -N model #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -q high project_name=model cd $PBS_O_WORKDIR rm .machine rm APPFILE rm $project_name.castep NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE 這個腳本怎么修改呢？需要修改哪些行？ |
5樓2011-04-08 16:23:48
6樓2011-04-08 22:16:42
風(fēng)間的記憶
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zzy870720z(金幣+2): 謝謝指點(diǎn)，還沒聽過GRIDVIEW，那就不用改了，呵呵 2011-04-09 09:53:00
slz0811(金幣+30): 謝謝交流，前幾天，徐光憲的一個學(xué)生還來給我們調(diào)試了下。還是有點(diǎn)問題。 2011-04-09 11:10:12
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指點(diǎn)，還沒聽過GRIDVIEW，那就不用改了，呵呵 2011-04-09 09:53:00
slz0811(金幣+30): 謝謝交流，前幾天，徐光憲的一個學(xué)生還來給我們調(diào)試了下。還是有點(diǎn)問題。 2011-04-09 11:10:12
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曙光的GRIDVIEW其實(shí)就是OPENPBS的漢化版 無他 zzy870720z 給了不錯的建議 就是那個連接（但沒仔細(xì)看，不清楚是否能解決問題） 至于找曙光的工程師 估計可能性不大 否則這個腳本早就給你了 MS這個問題的確需要調(diào)度系統(tǒng)的支持 而MS4.4 5.5的提交方式是不同的 據(jù)我所知4.4的方式不適用在5.5 這個問題比較普遍 如果你們資金滿足可以尋求專門做調(diào)度系統(tǒng)的公司提供幫助 |
7樓2011-04-09 08:25:27
風(fēng)間的記憶
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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8樓2011-04-09 11:28:00
9樓2011-04-09 23:27:05
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mazuju028(金幣+2): 謝謝交流 2011-04-10 09:00:34
zzy870720z(金幣+1): 鼓勵交流 2011-04-10 09:03:49
slz0811(金幣+10): 謝謝交流。 2011-04-10 14:39:15
mazuju028(金幣+2): 謝謝交流 2011-04-10 09:00:34
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slz0811(金幣+10): 謝謝交流。 2011-04-10 14:39:15
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我以前遇到過類似情況， 琢磨過一個辦法把任務(wù)分到幾臺機(jī)上，就是改CASTEP/share/data 下的machines.LINUX 文件， 不知適用否。 比如我原來是 n001:4 n002:4 n003:4 n004:4 可是送一個4核的任務(wù)就這有一臺機(jī)跑，后來我改成 n001:2 n002:2 n003:2 n004:2 n001:2 n002:2 n003:2 n004:2 這樣一來，送4核人任務(wù)就用001和002兩臺機(jī)器了。 [ Last edited by babaleo on 2011-4-10 at 07:56 ] |
10樓2011-04-10 07:55:10
11樓2011-04-15 15:45:33
12樓2011-05-28 18:36:09
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