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liuyihua鐵桿木蟲 (小有名氣)
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簡(jiǎn)介 TINKER是一些程序的集合，用于進(jìn)行分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算，以及一些用于生物聚合物計(jì)算的特殊功能。注意新舊版本之間的很多計(jì)算并不兼容，因?yàn)樗鼈兊膮?shù)文件并不相同。 功能 1. 目前可以使用的力場(chǎng)有AMBER-94/96，CHARMM27，MM2(1991)，MM3(2000)，OPLS-AA和OPLS-UA。其它的力場(chǎng)UFF，ENCAD，MMFF和MM4正在構(gòu)建中。另外，基于極化原子多極靜電的TINKER力場(chǎng)也正在開發(fā)中。 2. TINKER包含多種算法：較通常方法快的新型距離-結(jié)構(gòu)度量化方法，Elber的反應(yīng)路徑方法，用于全局優(yōu)化的幾種勢(shì)能曲面平滑和尋找(PSS)方法，高效的勢(shì)能曲面掃描程序，基于原子多極的靜電偶極極化率，用幾種不同的廣義Born (GB/SA)模型進(jìn)行連續(xù)的溶劑處理，高效簡(jiǎn)化的Newton (TNCG)定位優(yōu)化程序，表面面積和體積，簡(jiǎn)單的自由能微擾工具，簡(jiǎn)正模式分析，直角坐標(biāo)最小值，扭轉(zhuǎn)或剛體空間，速率Verlet隨機(jī)動(dòng)力學(xué)，改善的球面能量截?cái)喾椒ǎ糜诓糠蛛姾傻牧Ｗ泳W(wǎng)格Ewald總和，用于極化多極矩的常規(guī)Ewald總和，最新的長(zhǎng)程靜電反應(yīng)場(chǎng)處理方法，模擬退火，構(gòu)像尋找，MD的Andersen隨機(jī)碰撞恒溫，等等。 3. 改善的晶體最小化算法。 4. TINKER可以結(jié)合RasMol，ChemDraw，Chem3D，gOpenMol，MOLDEN，GAMESS-US和ReView使用。 5. PDB文件可以轉(zhuǎn)化為TINKER文件，使得分子結(jié)構(gòu)的輸入有豐富的來(lái)源。 6. 對(duì)無(wú)窮聚合體，如金剛石和石墨進(jìn)行操作。 官方主頁(yè): http://dasher.wustl.edu/tinker/ |
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yalefield
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