 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2175 | 回復(fù): 7 | ||
| 本帖產(chǎn)生 1 個(gè) 模擬EPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | ||
plafalines捐助貴賓 (小有名氣)
|
[求助]
用tinker的amoeba09力場模擬~~總是提示參數(shù)未定義~~~怎么辦啊~熱切求助
|
|
|
用tinker的amoeba09模擬一個(gè)NaCl水溶液體系 總是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件見附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
環(huán)境領(lǐng)域全國重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26博士申請(qǐng)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Matlab畫圖求助? (有人說, 標(biāo)題一定要長------------------------->)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- matlab擬合擬均相動(dòng)力學(xué)參數(shù)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求助 Origin 自定義函數(shù)輸入問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- AUTODUCK能不能做四聚體？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 關(guān)于使用ANSYS進(jìn)行模擬的問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 有償求助！有關(guān)氣液兩相沸騰相變 做二維即可
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 結(jié)構(gòu)優(yōu)化參數(shù)設(shè)置
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 小木蟲論壇引入“專業(yè)版應(yīng)助”參數(shù)，大家多多參與哦~~
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 求助：濾光片HT@1064 HR@532 θ=45° 中各參數(shù)指什么？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求ANSYS用于焊接分析的生死單元的例子
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 謝謝已解決問題，麻煩版主處理
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【500金幣本版活動(dòng)】“經(jīng)驗(yàn)力場分子模擬+第一性原理計(jì)算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【討論】分子模擬中力場參數(shù)的調(diào)節(jié)討論
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】materials studio 軟件中高分子材料模擬的力場選擇
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】The fictitious box mass 這個(gè)東西起到什么作用
已經(jīng)有3人回復(fù)
piaoma
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 2725.5
- 散金: 157
- 帖子: 162
- 在線: 590.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 201836
- 注冊(cè): 2006-02-28
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
2樓2011-05-04 22:20:27
plafalines
捐助貴賓 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 27.1
- 散金: 21
- 紅花: 8
- 帖子: 89
- 在線: 116.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1051786
- 注冊(cè): 2010-07-04
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2011-05-04 22:47:56
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 740553
- 注冊(cè): 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
|
你的key文件里只有力場參數(shù)，沒有動(dòng)力學(xué)計(jì)算需要的參數(shù)，當(dāng)然會(huì)提示有些參數(shù)沒有定義啦~ 這里有我測試用的key文件。你用時(shí)把parameters這行后面的改成你自己裝的Tinker中amoeba09力場參數(shù)文件的位置。其他參數(shù)你改成適合你體系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4樓2011-07-14 00:00:02
ChemiAndy
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 40
- 應(yīng)助: 52 (初中生)
- 金幣: 2573.3
- 散金: 18
- 紅花: 104
- 帖子: 590
- 在線: 553.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 836907
- 注冊(cè): 2009-08-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
|
你這key文件定義了PME，但是4.2版手冊(cè)67頁上說： EWALD SUMMATION METHODS TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME) method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for polarizable atomic multipole interactions. 即TINKER中PME方法不用于極化力場的靜電計(jì)算，它只適于固定電荷模型。 |
5樓2011-07-23 03:43:35
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 740553
- 注冊(cè): 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金幣+5): 鼓勵(lì)討論 2011-07-24 13:21:24
zh1987hs(金幣+5): 鼓勵(lì)討論 2011-07-24 13:21:24
|
這個(gè)設(shè)置PME參數(shù)，計(jì)算時(shí)程序也會(huì)根據(jù)體系實(shí)際的力場形式選擇計(jì)算方法的，如果對(duì)于多偶極勢采用Ewald算法，那設(shè)置PME參數(shù)的參數(shù)應(yīng)該會(huì)自動(dòng)忽略掉～ 另外我用的tinker版本是5.0的。我看了下源碼，mpole的Ewald算法，其虛空間也是用PME算法處理了，不知道是不是新版本改了～可以看下源碼里的 empole1.f 和 pmepol.f |
6樓2011-07-23 20:22:55
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 740553
- 注冊(cè): 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
7樓2011-07-23 20:29:19
ChemiAndy
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 40
- 應(yīng)助: 52 (初中生)
- 金幣: 2573.3
- 散金: 18
- 紅花: 104
- 帖子: 590
- 在線: 553.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 836907
- 注冊(cè): 2009-08-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
8樓2011-08-05 05:04:20
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 plafalines 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +6 | 為學(xué)666 2026-03-16 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +8 | 小熊joy 2026-03-14 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 +4 | 安全上岸！ 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學(xué)工程與技術(shù)319求調(diào)劑 +5 | Liwangman 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿211 285分求調(diào)劑 +5 | ly3471z 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +8 | 秋有木北 2026-03-14 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[教師之家] 焦慮 +7 | 水冰月月野兔 2026-03-13 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科南京大學(xué)一志愿川大藥學(xué)327 +3 | 麥田耕者 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩288分求調(diào)劑 一志愿211 +4 | 在家想你 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703，333分求調(diào)劑 一志愿鄭州大學(xué)-物理化學(xué) +3 | 李魔女斗篷 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +6 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學(xué)與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑求收留】 +3 | Ceciilia 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +5 | 超級(jí)伊昂大王 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 工科278分求調(diào)劑 +5 | 周慢熱啊 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | S.H1 2026-03-12 | 3/150 |
|