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[求助]
用tinker的amoeba09力場模擬~~總是提示參數(shù)未定義~~~怎么辦啊~熱切求助
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用tinker的amoeba09模擬一個NaCl水溶液體系 總是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件見附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
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7樓2011-07-23 20:29:19
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【答案】應(yīng)助回帖
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御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
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你的key文件里只有力場參數(shù)，沒有動力學(xué)計算需要的參數(shù)，當(dāng)然會提示有些參數(shù)沒有定義啦~ 這里有我測試用的key文件。你用時把parameters這行后面的改成你自己裝的Tinker中amoeba09力場參數(shù)文件的位置。其他參數(shù)你改成適合你體系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4樓2011-07-14 00:00:02
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