 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2195 | 回復: 7 | ||
| 本帖產生 1 個 模擬EPI ，點擊這里進行查看 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
plafalines捐助貴賓 (小有名氣)
|
[求助]
用tinker的amoeba09力場模擬~~總是提示參數(shù)未定義~~~怎么辦啊~熱切求助
|
|
|
用tinker的amoeba09模擬一個NaCl水溶液體系 總是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件見附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
回復此樓» 猜你喜歡
材料與化工考研調劑
已經有5人回復
-
299求調劑
已經有6人回復
-
材料292調劑
已經有5人回復
-
085404電子信息284分求調劑
已經有4人回復
-
收08調劑生
已經有3人回復
-
081700 調劑 267分
已經有9人回復
-
293求調劑
已經有5人回復
-
086003食品工程求調劑
已經有4人回復
-
0856材料專碩353求調劑
已經有5人回復
-
求調劑
已經有6人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Matlab畫圖求助? (有人說, 標題一定要長------------------------->)
已經有5人回復
- matlab擬合擬均相動力學參數(shù)
已經有6人回復
- 求助 Origin 自定義函數(shù)輸入問題
已經有4人回復
- AUTODUCK能不能做四聚體？
已經有8人回復
- 關于使用ANSYS進行模擬的問題
已經有8人回復
- 有償求助！有關氣液兩相沸騰相變 做二維即可
已經有4人回復
- 結構優(yōu)化參數(shù)設置
已經有6人回復
- 小木蟲論壇引入“專業(yè)版應助”參數(shù)，大家多多參與哦~~
已經有16人回復
- 求助：濾光片HT@1064 HR@532 θ=45° 中各參數(shù)指什么？
已經有4人回復
- 求ANSYS用于焊接分析的生死單元的例子
已經有4人回復
- 謝謝已解決問題，麻煩版主處理
已經有3人回復
- 【500金幣本版活動】“經驗力場分子模擬+第一性原理計算問題討論互助及資源共享”
已經有82人回復
- 【討論】分子模擬中力場參數(shù)的調節(jié)討論
已經有7人回復
- 【求助】materials studio 軟件中高分子材料模擬的力場選擇
已經有10人回復
- 【求助】The fictitious box mass 這個東西起到什么作用
已經有3人回復
plafalines
捐助貴賓 (小有名氣)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 27.1
- 散金: 21
- 紅花: 8
- 帖子: 89
- 在線: 116.9小時
- 蟲號: 1051786
- 注冊: 2010-07-04
- 專業(yè): 理論和計算化學
3樓2011-05-04 22:47:56
piaoma
木蟲 (小有名氣)
- 應助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 2725.5
- 散金: 157
- 帖子: 162
- 在線: 590.2小時
- 蟲號: 201836
- 注冊: 2006-02-28
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
2樓2011-05-04 22:20:27
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時
- 蟲號: 740553
- 注冊: 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
|
你的key文件里只有力場參數(shù)，沒有動力學計算需要的參數(shù)，當然會提示有些參數(shù)沒有定義啦~ 這里有我測試用的key文件。你用時把parameters這行后面的改成你自己裝的Tinker中amoeba09力場參數(shù)文件的位置。其他參數(shù)你改成適合你體系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4樓2011-07-14 00:00:02
ChemiAndy
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 40
- 應助: 52 (初中生)
- 金幣: 2573.3
- 散金: 18
- 紅花: 104
- 帖子: 590
- 在線: 553.8小時
- 蟲號: 836907
- 注冊: 2009-08-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
|
你這key文件定義了PME，但是4.2版手冊67頁上說： EWALD SUMMATION METHODS TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME) method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for polarizable atomic multipole interactions. 即TINKER中PME方法不用于極化力場的靜電計算，它只適于固定電荷模型。 |
5樓2011-07-23 03:43:35
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 【雙一流院校新能源、環(huán)境材料，材料加工與模擬招收大量調劑】 +4 | Higraduate 2026-03-22 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求調劑 +3 | gdlf9999 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學學碩求調劑 +5 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 0854 考研調劑 招生了！AI 方向
+4
|
pk3725069 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
[考研] 284求調劑 +3 | yanzhixue111 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 265求調劑 +10 | 梁梁校校 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學085701資源與環(huán)境302分求調劑 +5 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調劑 +5 | 孅華 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調劑 +3 | 26研0 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +7 | Auroracx 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +4 | 來好運來來來 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學調劑 +5 | yzysaa 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 302求調劑 +12 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0805材料320求調劑 +3 | 深海物語 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學，080502，354分求調劑 +5 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 22408 344分 求調劑 一志愿 華電計算機技術 +4 | solanXXX 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料學碩297已過四六級求調劑推薦 +11 | adaie 2026-03-19 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學大學 ，080500材料科學與工程學碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|