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用tinker的amoeba09力場(chǎng)模擬~~總是提示參數(shù)未定義~~~怎么辦啊~熱切求助
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用tinker的amoeba09模擬一個(gè)NaCl水溶液體系 總是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件見附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
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piaoma
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2樓2011-05-04 22:20:27
plafalines
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3樓2011-05-04 22:47:56
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【答案】應(yīng)助回帖
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御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 感謝無私回答 2011-07-14 19:57:56
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你的key文件里只有力場(chǎng)參數(shù)，沒有動(dòng)力學(xué)計(jì)算需要的參數(shù)，當(dāng)然會(huì)提示有些參數(shù)沒有定義啦~ 這里有我測(cè)試用的key文件。你用時(shí)把parameters這行后面的改成你自己裝的Tinker中amoeba09力場(chǎng)參數(shù)文件的位置。其他參數(shù)你改成適合你體系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4樓2011-07-14 00:00:02
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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-07-23 09:24:51
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你這key文件定義了PME，但是4.2版手冊(cè)67頁上說： EWALD SUMMATION METHODS TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME) method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for polarizable atomic multipole interactions. 即TINKER中PME方法不用于極化力場(chǎng)的靜電計(jì)算，它只適于固定電荷模型。 |
5樓2011-07-23 03:43:35
fcenf
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zh1987hs(金幣+5): 鼓勵(lì)討論 2011-07-24 13:21:24
zh1987hs(金幣+5): 鼓勵(lì)討論 2011-07-24 13:21:24
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這個(gè)設(shè)置PME參數(shù)，計(jì)算時(shí)程序也會(huì)根據(jù)體系實(shí)際的力場(chǎng)形式選擇計(jì)算方法的，如果對(duì)于多偶極勢(shì)采用Ewald算法，那設(shè)置PME參數(shù)的參數(shù)應(yīng)該會(huì)自動(dòng)忽略掉～ 另外我用的tinker版本是5.0的。我看了下源碼，mpole的Ewald算法，其虛空間也是用PME算法處理了，不知道是不是新版本改了～可以看下源碼里的 empole1.f 和 pmepol.f |
6樓2011-07-23 20:22:55
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7樓2011-07-23 20:29:19
ChemiAndy
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8樓2011-08-05 05:04:20
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