版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

childsliu

捐助貴賓 (正式寫手)

二當(dāng)家的

應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
金幣: 74.7
散金: 743
紅花: 10
帖子: 940
在線: 256.4小時(shí)
蟲號(hào): 264056
注冊(cè): 2006-07-08
性別: GG
專業(yè): 化學(xué)計(jì)量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)

[交流] 【轉(zhuǎn)載】計(jì)算不同z位置水能形成氫鍵數(shù)的VMD Tcl腳本已有2人參與

From http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 595ef7fc037fbf.html
by Sobereva

有人請(qǐng)我寫一個(gè)計(jì)算垂直于溶液界面的即不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本，下面是我的VMD Tcl腳本，或許有人也用得著。
氫鍵判據(jù)用的是常用的35度3.5埃的幾何判據(jù)，當(dāng)然也可以直接在腳本里改。計(jì)算方法是，只要有水分子有一個(gè)原子在某一層里，
則這個(gè)水分子就認(rèn)為屬于這一層的水。對(duì)于每一幀，計(jì)算屬于每一層的水selin與其它物質(zhì)selbig之間的氫鍵數(shù)，氫鍵包括了這一層
中的水作為氫鍵受體和供體兩種情況，其數(shù)目分別為代碼中的變量a和b。并且加上這一層水內(nèi)部之間的氫鍵數(shù)（變量c）的2倍。
a+b+2c除以這一層的水?dāng)?shù)，作為這一幀這一層的每個(gè)水的平均氫鍵數(shù)。腳本中循環(huán)軌跡中的每一幀，最終得到這一層平均氫鍵數(shù)。
nonum變量記錄有多少幀在所設(shè)定的范圍里沒有水，這些幀不計(jì)算。#后面那行用于調(diào)試目的，要考察每幀結(jié)果就去掉開頭的#。
首先運(yùn)行下面的腳本，來加載實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的子程序

CODE:

proc numhbavg {sel fps1 fps2} { 

set selin [atomselect top $sel] 

set selbig [atomselect top "same resid as exwithin 3.5 of $sel"] 

set k 0.0 

set nonum 0 

for {set i $fps1} {$i<=$fps2} {incr i} { 

$selin frame $i 

$selin update 

$selbig frame $i 

$selbig update 

if {[$selin num]!=0} {

set a [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selbig $selin] 0]] 

set b [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin $selbig] 0]] 

set c [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin] 0]] 

set k [expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]]

#puts "fps:$i $a+$b+[expr 2*$c] num_water:[expr [$selin num]/3.0] avg:[expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]]" 

} else {incr nonum} 

} 

if {[expr $fps2-$fps1+1]==$nonum} {return "no result"} 

return [expr $k/[expr $fps2-$fps1+1-$nonum]] 

}

然后下面的循環(huán)會(huì)調(diào)用這個(gè)子程序來輸出每一層的平均氫鍵數(shù)，這里假設(shè)要計(jì)算z=4.0~5.6埃的數(shù)據(jù)，間隔為0.1埃，
且限定20 不要恰頂著體系的邊界，最好至少留出5埃的距離。選擇范圍中resname SOL代表了水。

CODE:

for {set i 40} {$i<=55} {incr i} { 

set k [expr $i*0.1] 

set now [numhbavg "same resid as resname SOL and x<40 and x>20 and y<40 and y>20 and z<[expr $k+0.1] and z>=$k" 100 150] 

puts [format "%4.2f %4.2f %5.3f" $k [expr $k+0.1] $now] 

}

我這里隨便算一個(gè)主要由水構(gòu)成的普通的體系，水形成的氫鍵數(shù)大概在3.1左右，標(biāo)準(zhǔn)放寬到4.0埃，40度，則可形成氫鍵
數(shù)約為3.6。在冰中由于結(jié)構(gòu)十分有序，可形成4個(gè)氫鍵，在液態(tài)情況下分子的動(dòng)能必然造成氫鍵的破壞，所以結(jié)果是很合理的。
幀數(shù)范圍越大、xy平面越大計(jì)算越慢，這個(gè)腳本計(jì)算速度比較慢，不要一下將范圍設(shè)得太大。
輸出結(jié)果如下，前兩列代表統(tǒng)計(jì)的z值范圍，第三列是水的平均氫鍵數(shù)
4.00 4.10 3.015
4.10 4.20 3.161
4.20 4.30 3.201
4.30 4.40 3.159
4.40 4.50 3.237
4.50 4.60 3.130
4.60 4.70 3.201
4.70 4.80 3.338
4.80 4.90 3.201
4.90 5.00 3.041
5.00 5.10 3.122
5.10 5.20 3.182
5.20 5.30 3.160
5.30 5.40 3.309
5.40 5.50 3.189
5.50 5.60 3.327

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:23 ]

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

346求調(diào)劑一志愿070303有機(jī)化學(xué) 已經(jīng)有9人回復(fù)
085601 329分調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
289求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
367求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
271求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
085600，321分求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑已經(jīng)有35人回復(fù)
282求調(diào)劑不挑專業(yè) 求收留已經(jīng)有5人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
334分一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

XRD圖用布拉格方程計(jì)算晶面間距的θ 已經(jīng)有4人回復(fù)
【分享】〓銀行儲(chǔ)蓄利息計(jì)算器-2011.02-山野村夫版[轉(zhuǎn)]【已搜索無重復(fù)】已經(jīng)有7人回復(fù)
MS在linux并行計(jì)算的outmol文件和optsumm不能生成能量曲線，各位高人可有好辦法？已經(jīng)有18人回復(fù)
請(qǐng)問，自制電容器的正負(fù)兩極板導(dǎo)電性質(zhì)不相同，在板間形成的電場(chǎng)會(huì)怎樣？已經(jīng)有4人回復(fù)
烷基、醛基與磷酸根以氫鍵鍵合的可能性已經(jīng)有12人回復(fù)
急求幫助，請(qǐng)各位幫忙！謝謝計(jì)算NBO電荷分析出現(xiàn)如下問題已經(jīng)有6人回復(fù)
請(qǐng)問摩爾平衡怎么計(jì)算呢？已經(jīng)有5人回復(fù)
[求助] 聚合物的消光系數(shù)的計(jì)算？已經(jīng)有4人回復(fù)
【已完結(jié)】如何計(jì)算macroscopic average 已經(jīng)有15人回復(fù)
酸酐如何形成分子間氫鍵？已經(jīng)有4人回復(fù)
關(guān)于VMD可視化的問題已經(jīng)有5人回復(fù)
請(qǐng)問VASP計(jì)算，怎么樣得到形成焓？已經(jīng)有12人回復(fù)
含氮雜環(huán)形成氫鍵的能力已經(jīng)有5人回復(fù)
據(jù)說PEG高分子鏈和聚丙烯酸高分子鏈有氫鍵相互作用，會(huì)導(dǎo)致沉淀發(fā)生，是這樣的嗎？已經(jīng)有6人回復(fù)
【討論】關(guān)于不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本討論已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】存在氫鍵作用的雜質(zhì)如何提純已經(jīng)有3人回復(fù)

下苦功，三個(gè)字，一個(gè)叫下，一個(gè)叫苦，一個(gè)叫功，一定要振作精神，下苦功。

1樓 2009-11-09 19:12:46

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

長(zhǎng)草團(tuán)子

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 4
帖子: 3
在線: 1.9小時(shí)
蟲號(hào): 7824317
注冊(cè): 2018-01-25

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

請(qǐng)問樓主，我試著運(yùn)行了一下這個(gè)tcl腳本，也將其改成了我的參數(shù)，但是在運(yùn)行的時(shí)候卻出現(xiàn)了問題，在調(diào)用numhbavg的時(shí)候，顯示錯(cuò)誤：無效的命令名“”，請(qǐng)問這是為什么��？

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2018-03-30 09:11:44

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 4 個(gè)回答

Wendee

至尊木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 22608.5
散金: 25
紅花: 1
帖子: 2484
在線: 95.7小時(shí)
蟲號(hào): 1195375
注冊(cè): 2011-01-24
性別: GG
專業(yè): 結(jié)構(gòu)化學(xué)

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

不錯(cuò)不錯(cuò)，感謝你的分享！

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

2樓2011-03-17 22:39:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

長(zhǎng)草團(tuán)子

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 4
帖子: 3
在線: 1.9小時(shí)
蟲號(hào): 7824317
注冊(cè): 2018-01-25

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

請(qǐng)問樓主，我試著運(yùn)行了一下這個(gè)tcl腳本，也將其改成了我的參數(shù)，但是在運(yùn)行的時(shí)候卻出現(xiàn)了問題，在調(diào)用numhbavg的時(shí)候，顯示錯(cuò)誤：無效的命令名“”，請(qǐng)問這是為什么�。�

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2018-03-30 14:37:17

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 4 個(gè)回答

普通表情龍兔虎貓高級(jí)回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 求調(diào)劑 +6	akdhjs 2026-03-31	7/350	2026-03-31 14:39 by yaochuang
[考研] 求收留 +7	1943443204 2026-03-28	7/350	2026-03-31 14:38 by 記事本2026
[考研] 求調(diào)劑生物學(xué) 377分 +5	zzll03 2026-03-31	5/250	2026-03-31 14:28 by 記事本2026
[考研] 材料專碩調(diào)劑 +12	椰椰。 2026-03-29	12/600	2026-03-31 10:52 by foria
[考研] 293分求調(diào)劑，外語為俄語 +5	加一一九 2026-03-31	5/250	2026-03-31 09:39 by zhshch
[考研] 085601一志愿中山大學(xué)深圳材料工程330求調(diào)劑 +5	pipiver 2026-03-30	5/250	2026-03-31 07:37 by JourneyLucky
[考研] 281求調(diào)劑 +5	亞克西good 2026-03-26	7/350	2026-03-30 20:42 by dophin1985
[考研] 279求調(diào)劑 +12	j的立方 2026-03-29	12/600	2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 一志愿廈門大學(xué)材料工程專碩354找調(diào)劑！��！ +5	貝唄鋇鋇 2026-03-30	5/250	2026-03-30 18:16 by 無際的草原
[考研] 求調(diào)劑 +7	青春裁為三截 2026-03-29	7/350	2026-03-30 13:14 by laoshidan
[考研] 375求調(diào)劑 +6	雨夏整夜 2026-03-29	6/300	2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 337求調(diào)劑 +6	《樹》 2026-03-29	6/300	2026-03-30 10:15 by herarysara
[考研] 318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥求調(diào)劑 +5	篤行致遠(yuǎn). 2026-03-28	5/250	2026-03-30 06:56 by ilovexiaobin
[考研] 一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。 +11	nnnnnnn5 2026-03-25	11/550	2026-03-29 20:42 by 無際的草原
[考研] 329求調(diào)劑 +10	鈕恩雪 2026-03-25	10/500	2026-03-29 13:32 by peike
[考研] 343求調(diào)劑 +5	愛羈絆 2026-03-28	5/250	2026-03-28 20:53 by 唐沐兒
[考研] 394求調(diào)劑 +3	好事多磨靜候佳?/a> 2026-03-26	5/250	2026-03-28 14:24 by 唐沐兒
[考研] 352分化工與材料 +5	海納百川Ly 2026-03-27	5/250	2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 292求調(diào)劑 +4	求求了收下我吧?/a> 2026-03-26	4/200	2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4	袁奐奐 2026-03-25	8/400	2026-03-25 14:32 by lbsjt

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产 高清 中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇 一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

24小時(shí)熱門版塊排行榜

childsliu

[交流] 【轉(zhuǎn)載】計(jì)算不同z位置水能形成氫鍵數(shù)的VMD Tcl腳本 已有2人參與

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

長(zhǎng)草團(tuán)子

Wendee

長(zhǎng)草團(tuán)子

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产高清中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

[交流] 【轉(zhuǎn)載】計(jì)算不同z位置水能形成氫鍵數(shù)的VMD Tcl腳本已有2人參與

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助: