 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1698 | 回復(fù): 4 | |||
jianchaoyv金蟲 (小有名氣)
|
[交流]
【討論】關(guān)于不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本討論 已有3人參與
|
|
《轉(zhuǎn)載》 氫鍵判據(jù)用的是常用的35度3.5埃的幾何判據(jù)，當(dāng)然也可以直接在腳本里改。計算方法是，只要有水分子有一個原子在某一層里，則這個水分子就認為屬于這一層的水。對于每一幀，計算屬于每一層的水selin與其它物質(zhì)selbig之間的氫鍵數(shù)，氫鍵包括了這一層中的水作為氫鍵受體和供體兩種情況，其數(shù)目分別為代碼中的變量a和b。并且加上這一層水內(nèi)部之間的氫鍵數(shù)（變量c）的2倍。a+b+2c除以這一層的水?dāng)?shù)，作為這一幀這一層的每個水的平均氫鍵數(shù)。腳本中循環(huán)軌跡中的每一幀，最終得到這一層平均氫鍵數(shù)。nonum變量記錄有多少幀在所設(shè)定的范圍里沒有水，這些幀不計算。#后面那行用于調(diào)試目的，要考察每幀結(jié)果就去掉開頭的#。 首先運行下面的腳本，來加載實現(xiàn)這個功能的子程序 proc numhbavg {sel fps1 fps2} { set selin [atomselect top $sel] set selbig [atomselect top "same resid as exwithin 3.5 of $sel"] set k 0.0 set nonum 0 for {set i $fps1} {$i<=$fps2} {incr i} { $selin frame $i $selin update $selbig frame $i $selbig update if {[$selin num]!=0} { set a [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selbig $selin] 0]] #measure hbonds 3.5 35 $selbig $selin這個命令返回什么樣的值？怎么又先用了lindex、llength命令？ set b [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin $selbig] 0]] #這句跟上句的區(qū)別？ set c [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin] 0]] #這句為何只有一個$selin？一般都是像上2句那樣有2個$selin $selbig或$selbig $selin？ set k [expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]] #puts "fps:$i $a+$b+[expr 2*$c] num_water:[expr [$selin num]/3.0] avg:[expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]]" } else {incr nonum} } if {[expr $fps2-$fps1+1]==$nonum} {return "no result"} return [expr $k/[expr $fps2-$fps1+1-$nonum]] } 然后下面的循環(huán)會調(diào)用這個子程序來輸出每一層的平均氫鍵數(shù)，這里假設(shè)要計算z=4.0~5.6埃的數(shù)據(jù)，間隔為0.1埃，且限定20 set k [expr $i*0.1] set now [numhbavg "same resid as resname SOL and x<40 and x>20 and y<40 and y>20 and z<[expr $k+0.1] and z>=$k" 100 150] puts [format "%4.2f %4.2f %5.3f" $k [expr $k+0.1] $now] } 我這里隨便算一個主要由水構(gòu)成的普通的體系，水形成的氫鍵數(shù)大概在3.1左右，標準放寬到4.0埃，40度，則可形成氫鍵數(shù)約為3.6。在冰中由于結(jié)構(gòu)十分有序，可形成4個氫鍵，在液態(tài)情況下分子的動能必然造成氫鍵的破壞，所以結(jié)果是很合理的。 幀數(shù)范圍越大、xy平面越大計算越慢，這個腳本計算速度比較慢，不要一下將范圍設(shè)得太大。 輸出結(jié)果如下，前兩列代表統(tǒng)計的z值范圍，第三列是水的平均氫鍵數(shù) 4.00 4.10 3.015 4.10 4.20 3.161 4.20 4.30 3.201 4.30 4.40 3.159 4.40 4.50 3.237 4.50 4.60 3.130 4.60 4.70 3.201 4.70 4.80 3.338 4.80 4.90 3.201 4.90 5.00 3.041 5.00 5.10 3.122 5.10 5.20 3.182 5.20 5.30 3.160 5.30 5.40 3.309 5.40 5.50 3.189 5.50 5.60 3.327 請各位指點一下，我把自己看不懂的寫在上面了，不過可以對程序解釋的越詳細越好，更便于本人的正確理解�。∑诖魑桓呤种更c！尤其是bay__gulf ！ 另：氫鍵幾何判據(jù)中角度到底指的哪個？vmd中的measure hbonds 的命令中的角度指的是：“the angle formed by the donor, hydrogen, and acceptor must be less than angle from 180 degrees. “ 而我看到的文獻Phys. Chem. Chem. Phys. , 2004, 6, 829–835 中氫鍵幾何判據(jù)：“The bond angle a between the O–O direction and the molecular O–H direction of the donor, where H is the hydrogen which forms the bond, is lower than a threshold angle aC ”這兩個好像不一致��？ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-29 at 10:54 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0703化學(xué)336分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
[復(fù)試調(diào)劑]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
化學(xué)工程321分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動化所實習(xí)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩326求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
東南大學(xué)364求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
國自科面上基金字體
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
藥學(xué)383 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 旋蒸溶液，析出的固體在瓶壁上形成規(guī)則圖案
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 從outcar中提取原子坐標的腳本
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 蟲蟲們，分步沉淀法制備復(fù)合物的相關(guān)文獻能分享下么？我不是很懂其中形成機理的
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 平面內(nèi)不同區(qū)域不同材料的設(shè)置
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 水上加氫精修后，氫鍵的鍵長總有變化，如何解決？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- Discover dyanimics 模擬醇的水溶液時的氫鍵能為什么總是零？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 水中水分子與水分子之間的氫鍵鍵長
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何加游離水上的氫鍵？請達人討論一下吧。有實例，有圖有真相。
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】酰胺基與水形成氫鍵
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【討論】什么影響氫鍵的形成？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【請教】三個結(jié)晶水上的氫找不到，可以寫氫鍵么？
已經(jīng)有14人回復(fù)
coolrainbow
木蟲 (著名寫手)
未來國家凍涼
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 貴賓: 0.1
- 金幣: 3979.5
- 散金: 10
- 紅花: 50
- 帖子: 1137
- 在線: 272.3小時
- 蟲號: 239560
- 注冊: 2006-04-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2010-06-29 11:03:21
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
3樓2010-06-29 11:20:23
jianchaoyv
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 964.9
- 帖子: 198
- 在線: 94.8小時
- 蟲號: 657809
- 注冊: 2008-11-19
- 專業(yè): 通信理論與系統(tǒng)
|
程序來源于http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 595ef7fc037fbf.html 麻煩最上面程序中還有問題請教！請給解釋一下 另外，bay__gulf 那個vmd圖畫的與vmd的ug中描述好像不符吧？？ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-29 at 14:43 ] |
4樓2010-06-29 14:15:05
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-06-29 15:07:14
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-06-29 15:07:14
|
hbonds cutoff angle selection1 [selection2]: Find all hydrogen bonds in the given selection(s), using simple geometric criteria. Donor and acceptor must be within the cutoff distance, and the angle formed by the donor, hydrogen, and acceptor must be less than angle from 180 degrees. Only non-hydrogen atoms are considered in either selection. If both selection1 and selection2 are given, the selection1 is considered the donor and selection2 is considered the acceptor. If only one selection is given, all non-hydrogen atoms in the selection are considered as both donors and acceptors. The two selections must be from the same molecule. The function returns three lists; each element in each list corresponds to one hydrogen bond. The first list contains the indices of the donors, the second contains the indices of the acceptors, and the third contains the index of the hydrogen atom in the hydrogen bond. Known Issue: The output of hbonds cannot be considered 100% accurate if the donor and acceptor selection share a common set of atoms. ============= $selbig $selin這個命令返回什么樣的值？怎么又先用了lindex、llength命令？ 請在上面找答案 #這句跟上句的區(qū)別？ 逐字比對 這句為何只有一個$selin？一般都是像上2句那樣有2個$selin $selbig或$selbig $selin？ 請在上面找答案 氫鍵幾何判據(jù)中角度到底指的哪個？ 請在上面找答案 vmd 的ug 較長, 全部打印不現(xiàn)實 但8，10，11三章一定要打印下來仔仔細細看 |
5樓2010-06-29 15:05:34
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 jianchaoyv 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +3 | zbzihdhd 2026-03-15 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +9 | 大米飯！ 2026-03-15 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +4 | z1z2z3879 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[基金申請]
今年的國基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中師范071000，325求調(diào)劑 +6 | RuitingC 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +4 | 時間點 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +10 | 生如夏花… 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | 李新光 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程,326分，求調(diào)劑 +6 | KRSLSR 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿中科院，化學(xué)方向，295求調(diào)劑 +4 | 一氧二氮 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +6 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +7 | 綠豆芹菜湯 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856化工原理 +6 | z2839474511 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 研究生招生 +3 | 徐海濤11 2026-03-10 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 大連大學(xué)化學(xué)專業(yè)研究生調(diào)劑 +3 | 琪久. 2026-03-10 | 8/400 |
|