 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1723 | 回復: 4 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
jianchaoyv金蟲 (小有名氣)
|
[交流]
【討論】關于不同z值處的水能形成氫鍵數(shù)的腳本討論 已有3人參與
|
||
|
《轉(zhuǎn)載》 氫鍵判據(jù)用的是常用的35度3.5埃的幾何判據(jù)，當然也可以直接在腳本里改。計算方法是，只要有水分子有一個原子在某一層里，則這個水分子就認為屬于這一層的水。對于每一幀，計算屬于每一層的水selin與其它物質(zhì)selbig之間的氫鍵數(shù)，氫鍵包括了這一層中的水作為氫鍵受體和供體兩種情況，其數(shù)目分別為代碼中的變量a和b。并且加上這一層水內(nèi)部之間的氫鍵數(shù)（變量c）的2倍。a+b+2c除以這一層的水數(shù)，作為這一幀這一層的每個水的平均氫鍵數(shù)。腳本中循環(huán)軌跡中的每一幀，最終得到這一層平均氫鍵數(shù)。nonum變量記錄有多少幀在所設定的范圍里沒有水，這些幀不計算。#后面那行用于調(diào)試目的，要考察每幀結(jié)果就去掉開頭的#。 首先運行下面的腳本，來加載實現(xiàn)這個功能的子程序 proc numhbavg {sel fps1 fps2} { set selin [atomselect top $sel] set selbig [atomselect top "same resid as exwithin 3.5 of $sel"] set k 0.0 set nonum 0 for {set i $fps1} {$i<=$fps2} {incr i} { $selin frame $i $selin update $selbig frame $i $selbig update if {[$selin num]!=0} { set a [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selbig $selin] 0]] #measure hbonds 3.5 35 $selbig $selin這個命令返回什么樣的值？怎么又先用了lindex、llength命令？ set b [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin $selbig] 0]] #這句跟上句的區(qū)別？ set c [llength [lindex [measure hbonds 3.5 35 $selin] 0]] #這句為何只有一個$selin？一般都是像上2句那樣有2個$selin $selbig或$selbig $selin？ set k [expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]] #puts "fps:$i $a+$b+[expr 2*$c] num_water:[expr [$selin num]/3.0] avg:[expr $k+($a+$b+2*$c)*3.0/[$selin num]]" } else {incr nonum} } if {[expr $fps2-$fps1+1]==$nonum} {return "no result"} return [expr $k/[expr $fps2-$fps1+1-$nonum]] } 然后下面的循環(huán)會調(diào)用這個子程序來輸出每一層的平均氫鍵數(shù)，這里假設要計算z=4.0~5.6埃的數(shù)據(jù)，間隔為0.1埃，且限定20 set k [expr $i*0.1] set now [numhbavg "same resid as resname SOL and x<40 and x>20 and y<40 and y>20 and z<[expr $k+0.1] and z>=$k" 100 150] puts [format "%4.2f %4.2f %5.3f" $k [expr $k+0.1] $now] } 我這里隨便算一個主要由水構(gòu)成的普通的體系，水形成的氫鍵數(shù)大概在3.1左右，標準放寬到4.0埃，40度，則可形成氫鍵數(shù)約為3.6。在冰中由于結(jié)構(gòu)十分有序，可形成4個氫鍵，在液態(tài)情況下分子的動能必然造成氫鍵的破壞，所以結(jié)果是很合理的。 幀數(shù)范圍越大、xy平面越大計算越慢，這個腳本計算速度比較慢，不要一下將范圍設得太大。 輸出結(jié)果如下，前兩列代表統(tǒng)計的z值范圍，第三列是水的平均氫鍵數(shù) 4.00 4.10 3.015 4.10 4.20 3.161 4.20 4.30 3.201 4.30 4.40 3.159 4.40 4.50 3.237 4.50 4.60 3.130 4.60 4.70 3.201 4.70 4.80 3.338 4.80 4.90 3.201 4.90 5.00 3.041 5.00 5.10 3.122 5.10 5.20 3.182 5.20 5.30 3.160 5.30 5.40 3.309 5.40 5.50 3.189 5.50 5.60 3.327 請各位指點一下，我把自己看不懂的寫在上面了，不過可以對程序解釋的越詳細越好，更便于本人的正確理解��！期待各位高手指點！尤其是bay__gulf ！ 另：氫鍵幾何判據(jù)中角度到底指的哪個？vmd中的measure hbonds 的命令中的角度指的是：“the angle formed by the donor, hydrogen, and acceptor must be less than angle from 180 degrees. “ 而我看到的文獻Phys. Chem. Chem. Phys. , 2004, 6, 829–835 中氫鍵幾何判據(jù)：“The bond angle a between the O–O direction and the molecular O–H direction of the donor, where H is the hydrogen which forms the bond, is lower than a threshold angle aC ”這兩個好像不一致啊？ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-29 at 10:54 ] |
回復此樓» 猜你喜歡
283分材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復
-
349求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
296材料專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
一志愿上海海洋大學083200食品學碩，求調(diào)劑，接受其他專業(yè)
已經(jīng)有7人回復
-
材料340分調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
315求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
330分求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復
-
化工調(diào)劑303分，過四級
已經(jīng)有9人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 旋蒸溶液，析出的固體在瓶壁上形成規(guī)則圖案
已經(jīng)有3人回復
- 從outcar中提取原子坐標的腳本
已經(jīng)有14人回復
- 蟲蟲們，分步沉淀法制備復合物的相關文獻能分享下么？我不是很懂其中形成機理的
已經(jīng)有4人回復
- 平面內(nèi)不同區(qū)域不同材料的設置
已經(jīng)有6人回復
- 水上加氫精修后，氫鍵的鍵長總有變化，如何解決？
已經(jīng)有9人回復
- Discover dyanimics 模擬醇的水溶液時的氫鍵能為什么總是零？
已經(jīng)有7人回復
- 水中水分子與水分子之間的氫鍵鍵長
已經(jīng)有5人回復
- 如何加游離水上的氫鍵？請達人討論一下吧。有實例，有圖有真相。
已經(jīng)有4人回復
- 【求助】酰胺基與水形成氫鍵
已經(jīng)有4人回復
- 【討論】什么影響氫鍵的形成？
已經(jīng)有11人回復
- 【請教】三個結(jié)晶水上的氫找不到，可以寫氫鍵么？
已經(jīng)有14人回復
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
3樓2010-06-29 11:20:23
coolrainbow
木蟲 (著名寫手)
未來國家凍涼
- 應助: 1 (幼兒園)
- 貴賓: 0.1
- 金幣: 3979.5
- 散金: 10
- 紅花: 50
- 帖子: 1137
- 在線: 272.3小時
- 蟲號: 239560
- 注冊: 2006-04-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
2樓2010-06-29 11:03:21
jianchaoyv
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 964.9
- 帖子: 198
- 在線: 94.8小時
- 蟲號: 657809
- 注冊: 2008-11-19
- 專業(yè): 通信理論與系統(tǒng)
|
程序來源于http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 595ef7fc037fbf.html 麻煩最上面程序中還有問題請教！請給解釋一下 另外，bay__gulf 那個vmd圖畫的與vmd的ug中描述好像不符吧？？ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-29 at 14:43 ] |
4樓2010-06-29 14:15:05
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
- 應助: 9 (幼兒園)
- 貴賓: 4.85
- 金幣: 2332.8
- 紅花: 1
- 帖子: 1344
- 在線: 271小時
- 蟲號: 592012
- 注冊: 2008-09-03
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-06-29 15:07:14
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-06-29 15:07:14
|
hbonds cutoff angle selection1 [selection2]: Find all hydrogen bonds in the given selection(s), using simple geometric criteria. Donor and acceptor must be within the cutoff distance, and the angle formed by the donor, hydrogen, and acceptor must be less than angle from 180 degrees. Only non-hydrogen atoms are considered in either selection. If both selection1 and selection2 are given, the selection1 is considered the donor and selection2 is considered the acceptor. If only one selection is given, all non-hydrogen atoms in the selection are considered as both donors and acceptors. The two selections must be from the same molecule. The function returns three lists; each element in each list corresponds to one hydrogen bond. The first list contains the indices of the donors, the second contains the indices of the acceptors, and the third contains the index of the hydrogen atom in the hydrogen bond. Known Issue: The output of hbonds cannot be considered 100% accurate if the donor and acceptor selection share a common set of atoms. ============= $selbig $selin這個命令返回什么樣的值？怎么又先用了lindex、llength命令？ 請在上面找答案 #這句跟上句的區(qū)別？ 逐字比對 這句為何只有一個$selin？一般都是像上2句那樣有2個$selin $selbig或$selbig $selin？ 請在上面找答案 氫鍵幾何判據(jù)中角度到底指的哪個？ 請在上面找答案 vmd 的ug 較長, 全部打印不現(xiàn)實 但8，10，11三章一定要打印下來仔仔細細看 |
5樓2010-06-29 15:05:34
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +10 | y-yh 2026-04-01 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 366求調(diào)劑一志愿東北大學 +7 | 運氣來得若有似?/a> 2026-04-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | zzz，，r 2026-04-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +4 | 學員97LZgn 2026-04-02 | 4/200 |
|
|
[考研] 085601一志愿中山大學深圳材料工程330求調(diào)劑 +8 | pipiver 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿南師大0703化學 275求調(diào)劑 +6 | Ripcord上岸 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0805求調(diào)劑 +8 | 是水分 2026-03-31 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物學308分求調(diào)劑（一志愿華東師大） +5 | 相信必會光芒萬?/a> 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | 想上學求調(diào) 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 805600專碩材料與化工348分求調(diào)劑 +6 | 上學啦！ 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +17 | 木蟲er12138 2026-04-01 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 362求調(diào)劑 +13 | 西南交材料專碩3 2026-03-31 | 13/650 |
|
|
|
[論文投稿]
chinese chemical letters英文版投稿求助
 120+4
|
Yishengeryi 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349 +9 | 吃的不少 2026-03-30 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +8 | axibli 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 張芳銘-中國農(nóng)業(yè)大學-環(huán)境工程專碩-298 +9 | 手機用戶 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +9 | akdhjs 2026-03-31 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | hyl3153942 2026-03-29 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 | 麥恩莉. 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|