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javacfish金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【在線答疑】UCSF DOCK分子對(duì)接和虛擬篩選 已有19人參與
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大家好， 大家都知道ZINC數(shù)據(jù)庫(kù)在藥物設(shè)計(jì)中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是針對(duì)ZINC數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)的，它有很多優(yōu)點(diǎn) 1.很簡(jiǎn)單的實(shí)現(xiàn)平行編譯，而autodock需要用DOVIS,或者分割數(shù)據(jù)庫(kù)。 2.USCF DOCK實(shí)現(xiàn)了PB/SA的打分方式。 3.可以實(shí)現(xiàn)大規(guī)模的虛擬篩選。 4.其經(jīng)典的grid score=表面接觸匹配格點(diǎn)能+靜電格點(diǎn)能+VDW格點(diǎn)能 5.具有剛性和柔性的對(duì)接功能 6.用amber力場(chǎng)提高對(duì)接精度。 7.源碼公開且免費(fèi) USCF DOCK確定蛋白的口袋，用了一個(gè)有意思的算法，如圖 1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered. 2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained 3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence. 4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A; 關(guān)于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù)處理的軟件： 1. ZincSplit: http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423 2. openbabel 3. openeye 4. MGLTOOLS 5. UCSF splitmol ........................................................................... 聲明：不是討論USCF DOCK和AUTODOCK的優(yōu)缺點(diǎn)，我也在用autodock, 希望和大家共同討論有趣的話題。 我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以給我發(fā)郵件。 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ] |
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7樓2009-12-24 14:44:56
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lei0736(金幣+1):歡迎參與討論 2010-01-30 17:03
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我有兩個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教一下： 1.就是上次您回我的帖的那個(gè)問(wèn)題 fmt: read unexpected character apparent state: unit 2 named temp2.sph last format2I5,F8.4,I8,4F12.6) lately reading sequential formatted external IO Aborted 這個(gè)到底是什么原因造成的，我看有的帖子說(shuō)是是要將整個(gè)蛋白的凈電荷歸零，不知道怎么做 2.在用DOCK進(jìn)行篩選的時(shí)候，我down了zinc的庫(kù)，是不是我直接在dock.in中將zinc庫(kù)列出來(lái)呢，就是在ligand_file 后面給出庫(kù)的位置呢？ |
4樓2009-12-14 10:13:02
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