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javacfish金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【在線答疑】UCSF DOCK分子對接和虛擬篩選 已有19人參與
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大家好， 大家都知道ZINC數(shù)據(jù)庫在藥物設計中的重要地位，而USCF DOCK(http://dock.compbio.ucsf.edu/)是針對ZINC數(shù)據(jù)庫設計的，它有很多優(yōu)點 1.很簡單的實現(xiàn)平行編譯，而autodock需要用DOVIS,或者分割數(shù)據(jù)庫。 2.USCF DOCK實現(xiàn)了PB/SA的打分方式。 3.可以實現(xiàn)大規(guī)模的虛擬篩選。 4.其經(jīng)典的grid score=表面接觸匹配格點能+靜電格點能+VDW格點能 5.具有剛性和柔性的對接功能 6.用amber力場提高對接精度。 7.源碼公開且免費 USCF DOCK確定蛋白的口袋，用了一個有意思的算法，如圖 1. First, while n-1 spheres can be constructed at each surface point, the sphere of smallest radius are only considered. 2. Second, for each smallest sphere, we calculate the angle formed by the 2 surface points, i and j ,and the sphere center. The angles less than 90 is retained 3. Third, Receptor spheres are accepted only if point i and j belong to atoms in amino acid residues that are more than 4 apart in sequence. 4. Last, the radii greater than 5 A; is eliminated. And the radius must control at the 1.4~4.0 A; 關于ZINC數(shù)據(jù)庫處理的軟件： 1. ZincSplit: http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1589423 2. openbabel 3. openeye 4. MGLTOOLS 5. UCSF splitmol ........................................................................... 聲明：不是討論USCF DOCK和AUTODOCK的優(yōu)缺點，我也在用autodock, 希望和大家共同討論有趣的話題。 我的email: javacfish@sina.com ,有事也可以給我發(fā)郵件。 [ Last edited by lei0736 on 2009-12-21 at 19:01 ] |
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7樓2009-12-24 14:44:56
xufund
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2樓2009-11-30 20:31:40
javacfish
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請教高手
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lei0736(金幣+1):歡迎參與討論 2010-01-30 17:03
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我有兩個問題想請教一下： 1.就是上次您回我的帖的那個問題 fmt: read unexpected character apparent state: unit 2 named temp2.sph last format2I5,F8.4,I8,4F12.6) lately reading sequential formatted external IO Aborted 這個到底是什么原因造成的，我看有的帖子說是是要將整個蛋白的凈電荷歸零，不知道怎么做 2.在用DOCK進行篩選的時候，我down了zinc的庫，是不是我直接在dock.in中將zinc庫列出來呢，就是在ligand_file 后面給出庫的位置呢？ |
4樓2009-12-14 10:13:02
javacfish
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lei0736(金幣+1,VIP+0):謝謝 12-16 14:16
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我在原帖給你回復了，詳情請見： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1720307&pid=17368618&page=1#pid17368618 |
5樓2009-12-14 10:26:13
6樓2009-12-21 19:00:21
8樓2010-01-03 10:24:17
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9樓2010-02-03 18:25:12
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10樓2010-02-03 19:55:45
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