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三磷酸腺苷鐵桿木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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關(guān)于實(shí)驗(yàn)，關(guān)于細(xì)節(jié)
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在小木蟲(chóng)混了很久，也re過(guò)不少帖子，自己也算摸過(guò)不少類型的實(shí)驗(yàn) 剛剛看到一個(gè)談細(xì)節(jié)的帖子，讓我感覺(jué)有些經(jīng)驗(yàn)上的東西需要跟大家交流 怎么樣做出一個(gè)漂亮的數(shù)據(jù)，這是大家所關(guān)心的 總體來(lái)說(shuō)，可以分為以下幾個(gè)方面來(lái)考慮 1、良好的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，包括專業(yè)上的以及統(tǒng)計(jì)學(xué)上的，涉及對(duì)照、因素等多個(gè)方面 我想這個(gè)很好理解，不多說(shuō)什么了。 2、巧手，善于觀察的眼睛，以及善于應(yīng)變的腦子 穩(wěn)定而高超實(shí)驗(yàn)技術(shù)，自然對(duì)漂亮的數(shù)據(jù)有貢獻(xiàn)。比如制備上流式的樣品，就是要充分吹成單細(xì)胞，成團(tuán)沒(méi)法測(cè)，吹破了峰圖很惡心。尤其是用流式做損傷檢測(cè)的，如Annexin V/PI雙染凋亡的，在消化細(xì)胞的時(shí)候如果沒(méi)處理好吹過(guò)頭了，那么到時(shí)候就會(huì)有很多詭異的dot。細(xì)節(jié)很重要，尤其要從耗材、儀器、試劑以及實(shí)驗(yàn)手法方面入手去考慮。比如做QPCR，不用進(jìn)口耗材，那么SD就會(huì)超大。如果不混好一個(gè)stock mix再分裝，那么也會(huì)造成SD很大。 善于觀察，這點(diǎn)很重要，有時(shí)候一些現(xiàn)象就是明擺在那里，如果不懂得分辨，那么就錯(cuò)失良機(jī)，或者得出錯(cuò)誤的結(jié)論。我想做病理的估計(jì)會(huì)很有體會(huì)。有時(shí)候就是差那么一點(diǎn)點(diǎn)。骨架變化、壞死、凋亡之類的，光鏡相差下面是可以看出個(gè)一二的。（雖然不能下結(jié)論，但可以給你心里有底） 應(yīng)變，我覺(jué)得就是衡量一個(gè)人做實(shí)驗(yàn)是否聰明的一個(gè)指標(biāo)。實(shí)驗(yàn)過(guò)程或者結(jié)果并非都一定是符合預(yù)期的，同時(shí)具體實(shí)驗(yàn)的方法，也未必是死按protocol的。比如我現(xiàn)在配DMEM，都不測(cè)pH值了，肉眼觀察酚紅指示劑的變化就好了。同時(shí)，過(guò)了濾膜會(huì)升高0.1~0.2個(gè)pH，放久了更加容易變堿，因此每次我都會(huì)調(diào)“酸”一些。又比如，涉及需不需要定容，或者需不需要無(wú)菌操作之類種種問(wèn)題，我想，明白了實(shí)驗(yàn)原理就知道自己應(yīng)該怎么選擇。我很難理解為何有些人配PBS、LB培養(yǎng)基都要定容，難道量筒會(huì)差很遠(yuǎn)？ 這個(gè)差異對(duì)后續(xù)有很大的影響？也不明白為何測(cè)MTT或者抽個(gè)核酸都要全程無(wú)菌。到底是什么在影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的因素，其實(shí)要從原理上去考慮，而不是其他無(wú)謂的治標(biāo)不治本的措施。 3、聰明地對(duì)待實(shí)驗(yàn)結(jié)果 分兩個(gè)方面說(shuō)吧，激進(jìn)的人，可能雙染上流式有變化，就說(shuō)細(xì)胞凋亡了，悲觀或者說(shuō)不善于看待問(wèn)題的，會(huì)覺(jué)得怎么對(duì)比起來(lái)沒(méi)有任何變化。 對(duì)于許多生物學(xué)現(xiàn)象的描述，很難說(shuō)有一些什么唯一的金標(biāo)準(zhǔn)，只有少數(shù)情況下例外。而曾經(jīng)被奉為金標(biāo)準(zhǔn)的，用現(xiàn)在的眼光來(lái)看，是否還是什么金標(biāo)準(zhǔn)呢？（曾經(jīng)GFAP是作為膠質(zhì)瘤分級(jí)的金標(biāo)準(zhǔn)，可是僅有GFAP就能說(shuō)明惡性程度嗎？我想做腫瘤的都應(yīng)該很清楚。）更何況，是根本還談不上金標(biāo)準(zhǔn)的指標(biāo)。綜合考慮，是推斷的基本前提。另外還得補(bǔ)一句，有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，并不一定有生物學(xué)意義，盡管P小于一千萬(wàn)分之一也好，總之沒(méi)有專業(yè)眼光，單純統(tǒng)計(jì)學(xué)，只是在騙人而已，是在玩數(shù)字游戲。 而對(duì)于后者我就不多說(shuō)什么了，抽身出來(lái)思考生命現(xiàn)象本身，比去思考一條單一的通路、單一的蛋白水平變化，是更加有意義的。做RT發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄量增加，與預(yù)期相悖，但決定性的還是表達(dá)量，以及活性調(diào)節(jié)和降解的平衡。做出來(lái)沒(méi)變或者相悖，不要灰心，從另外個(gè)角度去考察，會(huì)發(fā)現(xiàn)更多有趣的東西。 本帖關(guān)鍵詞：巧手 統(tǒng)計(jì)學(xué) 試劑 dot mix |
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4樓2011-03-10 09:45:00
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