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【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人參與
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我想模擬聚合物在金屬團(tuán)簇表面的吸附,想請(qǐng)教大家這樣的體系的config文件如何生成? 另外我把手冊(cè)已經(jīng)看了一遍,但是希望運(yùn)行一下.有么有人根據(jù)手冊(cè)的算例給寫一個(gè)模擬過(guò)程,給傳一個(gè)謝謝!! |
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-03-14 19:34
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-03-14 19:34
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你好。來(lái)信收到后我立即運(yùn)行了你的作業(yè)。結(jié)果比你的還糟糕，只運(yùn)行了三步。顯示器上顯示的錯(cuò)誤是segmentation fault。不過(guò)這三步計(jì)算的數(shù)據(jù)結(jié)果與你前面給出的前三步是一樣的。同時(shí)所有的輸出變量都是在正常范圍以內(nèi)的。我實(shí)在看不出哪里有異常。另外注意到你是用的構(gòu)型優(yōu)化計(jì)算，我改了一下，直接在300K下運(yùn)行Nve Md，結(jié)果一步也沒有走，提示出現(xiàn)了105號(hào)錯(cuò)誤，即shake算法不收斂。 我對(duì)你計(jì)算的體系和力場(chǎng)不怎么熟悉，以我粗淺的經(jīng)驗(yàn)認(rèn)為，問(wèn)題一般不外乎出現(xiàn)在力場(chǎng)和初始構(gòu)型上。你的初始構(gòu)型有沒有用分子圖象程序比如VMD之類看過(guò)？有沒有問(wèn)題？你的力場(chǎng)是從哪里來(lái)的？單位有沒有弄錯(cuò)？ 如果你是初學(xué)，我倒建議你先重復(fù)一下別人的工作，找一篇體系和你近擬，報(bào)道比較詳細(xì)的文獻(xiàn)，用DLPOLY把人家的工作做一次，看看結(jié)果是不是和人家一樣，然后照貓畫虎再弄你自己的東西，起碼可以保證你對(duì)程序的輸入輸出的理解是正確的。 |
33樓2010-03-14 18:54:32
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2樓2010-01-24 16:53:03
3樓2010-01-24 20:21:22
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lei0736(金幣+3):謝謝 1-25 10:29
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+3):謝謝 1-25 10:29
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難處在于，誰(shuí)肯費(fèi)這個(gè)時(shí)間教你呢？你多少也應(yīng)該自己學(xué)一些，然后就某一點(diǎn)難以解決之處來(lái)提問(wèn)。如果叫人家給你寫個(gè)通盤的教程，給你個(gè)完整的例子，換了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那個(gè)時(shí)間么？大家都很忙啊。 Config文件如何生成，手冊(cè)上講得非常之詳細(xì)，你自己試著下手弄一下，哪里不懂可以提問(wèn)，這樣好一些，也學(xué)得比較快。關(guān)鍵是要?jiǎng)邮职 ? |
4樓2010-01-25 09:45:24
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