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【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人參與
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我想模擬聚合物在金屬團簇表面的吸附,想請教大家這樣的體系的config文件如何生成? 另外我把手冊已經(jīng)看了一遍,但是希望運行一下.有么有人根據(jù)手冊的算例給寫一個模擬過程,給傳一個謝謝!! |
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4樓2010-01-25 09:45:24
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不好意思,又有問題麻煩你了. 我用ms建立我的體系以后生成了一個帶有xyz坐標的文件*.pdb 我想通過編程把里面的格式給修改成config格式. config中原子的坐標的格式是下面這樣的. CT 1 -5.367652772 -4.974650238 -5.990217152 -3.753414027 -2.997453843 4.469020573 -4347.618322 785.7157385 1473.633382 我想問: 在編程的輸出,對于config 第一行 CT 和 1 之間的空格應(yīng)該有幾個合適,隨便多少都合適嗎? 在第二行的開頭這里的空格要不要?如果要,留幾個空格合適,謝謝! 還有一個疑問就是在config開頭有一個變量natoms是定義原子的數(shù)目,我查看了幾個例子發(fā)現(xiàn)這個natoms的數(shù)目和config中包含的數(shù)目不一致..有的config文件中這個變量都沒有設(shè)定?這是怎么一回事? [ Last edited by tpp001 on 2010-1-27 at 22:07 ] |
11樓2010-01-27 21:58:11
79樓2010-04-16 08:44:22
80樓2010-04-16 17:03:18
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2樓2010-01-24 16:53:03
3樓2010-01-24 20:21:22
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呵呵,你說的不錯....我就是想運行一下軟件中的例子,因為從來沒有用過dl_poly, 想知道什么命令能讓軟件運行起來..我不清楚我這個請求是不是很麻煩,謝謝... 我以為是我體系的技術(shù)問題呢... 具體問題我想問一下,大家的config文件都是怎么生成的....看了其他帖子,有的說自己編程,有的說用ms生成xyz坐標... 另外,有帖子說 config要求盒子的中心是坐標的原點,可是我在manual上沒有看到,這個是必須的嗎? 還有就是在config文件中的開頭: Lennard-Jones Argon 2 3 255 -176595.066855 這行中 -176595.066855,手冊說 engcfg real configuration energy in DL_poly units 我想知道這個 configuration energy 一般都是怎么得到的,單位是j/mol把?因為可能要自己寫config文件,所以想知道清楚些,謝謝. |
5樓2010-01-25 11:06:33
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6樓2010-01-25 11:30:31
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非常感謝你的回復(fù),我這里又有幾個問題請教 1.對于體系的config 文件的生成,我打算這樣來做: 用ms來建立我的體系的初試結(jié)構(gòu).然后導出一個xyz坐標的文件, 既然dl_poly要求盒子的中心是體系的原點,而ms中原點在盒子的一個頂點0上,我如果把ms導出的xyz坐標，都減去盒子長度的一半就是體系的原點就在盒子的中心了，不知道這樣行嗎？ 2. 因為建立體系，在進行動力學模擬以前，要對體系進行relaxation�？墒俏也恢缿�(yīng)該怎么樣寫進行optimising的control 文件，能不能給我傳一個進行optimising的control模板。如果有的話，能不能順便再給我傳一個進行MD模擬的control文件。謝謝。 3. 在control文件中的 jobtime 應(yīng)該怎么設(shè)定，有沒有什么經(jīng)驗來確定一下。 |
7樓2010-01-25 16:13:30
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+4):謝謝 1-25 20:38
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+4):謝謝 1-25 20:38
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1.可行。 2.DLPOLY提供的有一些例子，請自行下載。relaxation的方法很多，你要先確定自己想怎么搞，然后考慮怎樣把它寫成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么幾條，反復(fù)閱讀一下自然會懂。 3.jobtime跟你的模擬體系的大小、模擬時間的長程以及CPU的快慢有關(guān)。盡量搞大一些就是了。你做過幾次，有經(jīng)驗了，就可以自己定。這個參數(shù)什么也不影響，可以盡量搞大一些。 |
8樓2010-01-25 18:45:53
9樓2010-01-25 22:18:42
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10樓2010-01-26 08:02:29
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