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[交流]
【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人參與
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我想模擬聚合物在金屬團簇表面的吸附,想請教大家這樣的體系的config文件如何生成? 另外我把手冊已經(jīng)看了一遍,但是希望運行一下.有么有人根據(jù)手冊的算例給寫一個模擬過程,給傳一個謝謝!! |
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對test13,就像你所說的周期性邊界條件的影響.在vmd上那樣顯示是因為在dl_poly中的history上考慮周期性邊界條件的,所以在VMD顯示的時候,就有的靠近邊界的分子的鍵就是斷開的或者拉長的...所以我覺得test13 沒有什么問題, 生成的history文件不影響分析,只是顯示不好,這個問題我是這樣理解的..... 而我的自己的體系,進行的是一個nvt berendesen 0.1 設(shè)置的模擬,就是跑不起來老是出錯...我覺得要么是體系太不平衡,要么是我的CONFIG的設(shè)置不合理... 不知道你們都是怎么處理一個體系,比如說前期要不要進行一個 minimize. 還有就是在跑md的時候要不要加一段時間的equilibrium..... |
69樓2010-04-01 16:12:35
老虎大王
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2樓2010-01-24 16:53:03
3樓2010-01-24 20:21:22
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4樓2010-01-25 09:45:24
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