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yyx19840628木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
鷹的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
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[交流]
【求助】DS軌跡可以放到VMD嗎 已有1人參與
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1、溶劑化得時(shí)候是使用默認(rèn)的7 但邊長(zhǎng)是多少呢？ 一般看文章好像說(shuō)明了。 自己也不知道。 2、還有請(qǐng)問(wèn)VMD可以分析DS跑完的軌跡嗎？msv的那個(gè)文件。 我要看兩個(gè)質(zhì)心之間的距離，DS好像只能顯示一個(gè)質(zhì)心。不知道怎么弄。 3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 這段里面MM方法優(yōu)化請(qǐng)問(wèn)怎么在DS里做。還是在高斯里做。 |
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cy2003
新蟲(chóng) (初入文壇)
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★ ★
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-05-30 10:05:00
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-05-30 10:05:00
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3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 這段里面MM方法優(yōu)化請(qǐng)問(wèn)怎么在DS里做。還是在高斯里做。 ------------------------------------------------ 高斯里面的MM好像還沒(méi)DS好吧…… 我用DS的時(shí)候，是有個(gè)“minimization”模塊的，就是用于優(yōu)化。這個(gè)minimization優(yōu)化之前需要加力場(chǎng)，還有優(yōu)化函數(shù)的選擇。因?yàn)槲易龅氖嵌嚯�，一般先用最陡下降法，然后用共軛梯度法。這個(gè)優(yōu)化函數(shù)的選擇，一般都有適當(dāng)建議的。 |
3樓2010-05-30 09:54:37
yyx19840628
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
鷹的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
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給五年前的自己回復(fù)，說(shuō)實(shí)話(huà)，我現(xiàn)在看不懂那時(shí)候想要問(wèn)什么，好深?yuàn)W的說(shuō)。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
4樓2016-01-17 20:34:01
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