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greatsaint銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】如何blast比對(duì)及建樹(shù)？ 已有4人參與
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| 如何將十幾二十個(gè)DNA序列進(jìn)行blast比對(duì)，比對(duì)后又如何構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)？ |
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won7
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greatsaint(金幣+1):謝謝參與
greatsaint(金幣+1):謝謝！ 2010-02-05 21:52
greatsaint(金幣+1):謝謝參與
greatsaint(金幣+1):謝謝！ 2010-02-05 21:52
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看來(lái)你是初學(xué)著，把BLAST和比對(duì)混為一談。BLAST是相似性檢索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比對(duì)較簡(jiǎn)單的方法是把序列在記事本上做成FASTA格式，如 > sequence name1 ACTGTGACCG(你的序列) > sequence name2 ACTGTGACCG(你的序列) . . . 保存成txt或fas格式，用MEGA打開(kāi)，進(jìn)行比對(duì)。比對(duì)好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、構(gòu)樹(shù)等。 |
2樓2010-02-05 21:42:48
greatsaint
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3樓2010-02-05 22:02:25
won7
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greatsaint(金幣+1):謝謝 2010-02-06 14:20
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沒(méi)有什么太多關(guān)系。BLAST是在GenBank上的做相似性檢索的工具，MEGA是一個(gè)進(jìn)行序列分析的軟件。Clustal用于序列比對(duì)。盡管這三個(gè)工具均能顯示相似的結(jié)果，如均能顯示系統(tǒng)樹(shù)的結(jié)構(gòu)，但使用的模型不同，很少有SCI文獻(xiàn)使用BLAST和Clustal的樹(shù)。MEGA上的比對(duì)引用Clustal的核心程序，比對(duì)的效果是一樣的，但比對(duì)結(jié)果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS兩種，而Clustal可保存多種格式。 [ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ] |
4樓2010-02-06 09:54:33
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10樓2010-02-07 01:31:02
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