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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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lascqy

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[交流] 【求助】vasp5.2異常退出的問題已有9人參與

剛剛用上VASP，遇到一個(gè)特別奇怪的問題，請教高手~
最近在搭建平臺(tái)過程中,遇到這樣的問題
環(huán)境：red hat enterprise 5.4
      intel C++ and fortran compiler:11.1.069
      intel MKL:10.2.4.032
      MPI:intel MPI3.2.011
BLAS、LAPACK、FFT3D均采用intel MKL中的
出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤：當(dāng)INCAR中精度采用Medium的話，采用14個(gè)核以下
mpiexec -n 14 ./vasp
就可以正常計(jì)算
當(dāng)15個(gè)核以上，就會(huì)出現(xiàn)類似以下錯(cuò)誤
rank 2 in job 1 node1_55228 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
當(dāng)精度調(diào)至Accurate時(shí)，無論使用多少個(gè)核均會(huì)退出。
開始以為是MPI的問題，后來發(fā)現(xiàn)，當(dāng)不使用MPI運(yùn)行，直接運(yùn)行
./vasp
如果是Medium就可以正常計(jì)算，但如果是Accurate精度就會(huì)報(bào)
segmentation fault
退出

后來經(jīng)過進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，同樣的編譯和輸入文件，在vasp4.6中，各種設(shè)置均可以完美運(yùn)行，在5.2中就出現(xiàn)以上錯(cuò)誤，難道是vasp5.2有什么設(shè)置不同？
望高手或者有遇見相同情況的給點(diǎn)建議

PS：貌似調(diào)節(jié)MPI_BLOCK的值會(huì)略有不同，但還是會(huì)報(bào)錯(cuò)~

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1樓 2010-04-13 23:28:18

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y1ding

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gavinliu7390(金幣+1):謝謝參與！ 2010-04-14 07:55

引用回帖:

Originally posted by lascqy at 2010-04-13 23:28:18:
剛剛用上VASP，遇到一個(gè)特別奇怪的問題，請教高手~
最近在搭建平臺(tái)過程中,遇到這樣的問題
環(huán)境：red hat enterprise 5.4
intel C++ and fortran compiler:11.1.069
intel MKL:10.2.4.032 ...

我們也遇到這個(gè)情況。而且比你的還要復(fù)雜，編譯出來的vasp5，有的賬號能算，有的賬號就出現(xiàn)類似于你的錯(cuò)誤。而vasp4則沒有問題。
似乎和用戶的某些設(shè)置有關(guān)。但是不知道什么原因。

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2樓2010-04-13 23:59:01

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lxbyf

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恩，我這里也遇到這樣的情況，貌似跟用戶有點(diǎn)關(guān)系，之前我的賬號算4.6都好好的，編譯了5.2就出現(xiàn)這樣的情況，而其他人就可以算，最后只好重建一個(gè)新賬號來用5.2算，就沒有問題了，求解答~~~

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3樓2010-04-16 21:03:15

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bluewhale

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gavinliu7390(金幣+2):謝謝交流！ 2010-04-17 10:18

用低一點(diǎn)版本編譯試一下，我們的集群一直用v9的intel compiler編譯似乎沒有什么問題。
另檢查一下用戶配置是否正確，直接用ssh在各可能用到的節(jié)點(diǎn)試一下，有時(shí)系統(tǒng)換硬盤什么的可戶忘了更新known_hosts, 盡管登錄時(shí)有提示，但很多人根本不看管理員給出信息。

[ Last edited by bluewhale on 2010-4-16 at 22:18 ]

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4樓2010-04-16 22:10:41

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lascqy

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引用回帖:

Originally posted by bluewhale at 2010-04-16 22:10:41:
用低一點(diǎn)版本編譯試一下，我們的集群一直用v9的intel compiler編譯似乎沒有什么問題。
另檢查一下用戶配置是否正確，直接用ssh在各可能用到的節(jié)點(diǎn)試一下，有時(shí)系統(tǒng)換硬盤什么的可戶忘了更新known_hosts, 盡管登錄 ...

恩，我換低版本的試試
ssh肯定是沒問題的，全部都通過無密碼訪問的方式配置，NFS共享一個(gè)用戶目錄，所以所有節(jié)點(diǎn)互訪無問題的，另外忘了說明，好像我自己寫的文件有點(diǎn)奇怪，明明是1個(gè)group，20個(gè)節(jié)點(diǎn)，而vasp運(yùn)行開始的提示卻是
1node ， 20group
不知道這個(gè)是不是反應(yīng)了一些錯(cuò)誤，難道是輸入文件的問題？？

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5樓2010-04-17 21:20:14

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zzy870720z

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還沒用上5.2, 不知道怎么樣呢？

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6樓2010-04-17 21:25:24

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bluewhale

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gavinliu7390(金幣+1):謝謝參與！ 2010-04-18 09:27

將你的提交腳本粘上來看一看！
我們的4.6和5.2都很正常。

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7樓2010-04-18 00:06:27

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lascqy

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引用回帖:

Originally posted by bluewhale at 2010-04-18 00:06:27:
將你的提交腳本粘上來看一看！
我們的4.6和5.2都很正常。

如下，如果方便的話你能不能提供一個(gè)你能用較大體系的計(jì)算文件我試試，這樣就知道是不是輸入文件的問題了，謝了
INCAR
SYSTEM=Snv
CUTOFF=340
ISTART=0;
ICHARG=2
ISMEAR=1;
SIGMA=0.2
NSW=100;
IBRION=2
ISIF=3
POTIM=0.2
EDIFF=5E-6;
EDIFFG=5E-5
PREC=Accurate
LREAL=.FALSE.
GGA=PE

KPOINTS
Automatic mesh
0
Monkhorst-Pack
2  2  4
0  0  0

POSCAR
Snv
1.0
11.660000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    11.660000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    0.000000000000000    6.360000000000000
31
  Direct
  -0.0000000000000000  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000
  -0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.1250000000000000
0.2500000000000000  -0.0000000000000000 0.3750000000000000
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0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.3750000000000000
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0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.8750000000000000

POTCAR為vasp自帶的Sn贗勢文件

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8樓2010-04-18 19:08:30

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偶也遇到這個(gè)問題了，用其他版本沒問題，
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and 1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          1 )
reading WAVECAR
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
libblas.so.3    00002AAAAAB0C902  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000A5A26A  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000A725FC  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000537E8D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041D6BB  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000004048DC  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003D93A1D8A4  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000004047E9  Unknown             Unknown  Unknown
這與贗勢有關(guān)嗎？

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9樓2010-05-17 16:06:17

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不知道是不是內(nèi)存問題， segmentation fault 有可能是內(nèi)存溢出了
和贗勢應(yīng)該關(guān)系不大

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10樓2010-05-17 17:01:09

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