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木蟲 (小有名氣)

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[交流] 【求助】求教對CIF文件中2個(gè)A類錯(cuò)誤的解釋已有4人參與

我的CIF文件有兩個(gè)A類錯(cuò)誤，問了一個(gè)解晶體結(jié)構(gòu)的老師，他說這是由于在做吸收校正時(shí)沒有考慮晶體形貌而產(chǎn)生的（測試晶體尺寸為0.50mm*0.12mm*0.02mm），是這樣的嗎？

Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
         Absolute value of the parameter shift to su ratio given 5.305
         Additional refinement cycles may be required.
Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction.

PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................    5.30
Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction.

GOOF值和R因子如下。如果我想使用這個(gè)CIF，我該如何在CIF中解釋上面這兩個(gè)A類錯(cuò)誤呢？（給出的Response是我擬寫的內(nèi)容）請各位老師和高手指點(diǎn)迷津！謝謝大家！

_refine_ls_R_factor_all          0.0314
_refine_ls_wR_factor_ref       0.0786
_refine_ls_goodness_of_fit_ref 1.044

另外，還有7個(gè)C類錯(cuò)誤和10個(gè)G類錯(cuò)誤，需要怎么處理它們呢？我可以不管C和G么？

Alert level C
PLAT029_ALERT_3_C _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......    0.97
PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X)  Al2 --  N5    ..    5.67 su
PLAT324_ALERT_2_C Check for Possibly Missing H on Coordinating....       N3
PLAT041_ALERT_1_C Calc. and Reported SumFormula Strings  Differ       ?
PLAT045_ALERT_1_C Calculated and Reported Z Differ by ............    0.25 Ratio
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...       ?
PLAT077_ALERT_4_C Unitcell contains non-integer number of atoms ..       ?

Alert level G
FORMU01_ALERT_2_G  There is a discrepancy between the atom counts in the
         _chemical_formula_sum and the formula from the _atom_site* data.
         Atom count from _chemical_formula_sum:Al1.5 N9.5 Nd1 O0.5 Si5.5
         Atom count from the _atom_site data:  Al1.18 N9.6 Nd1.0014 O0.4 Si5.
CELLZ01_ALERT_1_G Difference between formula and atom_site contents detected.
CELLZ01_ALERT_1_G ALERT: Large difference may be due to a
         symmetry error - see SYMMG tests
         From the CIF: _cell_formula_units_Z 4
         From the CIF: _chemical_formula_sum  Al1.5 N9.50 Nd O0.50 Si5.50
         TEST: Compare cell contents of formula and atom_site data

         atom Z*formula  cif sites diff
         Al       6.00    4.72 1.28
         N       38.00    38.40 -0.40
         Nd       4.00    3.99 0.01
         O       2.00    1.60 0.40
         Si       22.00    23.28 -1.28
PLAT301_ALERT_3_G Note: Main Residue  Disorder ...................    32.00 Perc.
PLAT396_ALERT_2_G Deviating Si-O-Si Angle from 150 Deg for     PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature       293 K
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported _diffrn_ambient_temperature       293 K
PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si2    (Verify) ....       S
PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si3    (Verify) ....       R
PLAT811_ALERT_5_G No ADDSYM Analysis: Too Many Excluded Atoms ....       !

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1樓 2010-04-22 21:54:24

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zhangxin11

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★
帝夫(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-04-23 10:02
enihc(金幣+1):謝謝您指點(diǎn)！ 2010-04-23 13:16

結(jié)構(gòu)沒有收斂多修幾輪試試 ins中精修輪數(shù)改大點(diǎn)

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2樓2010-04-22 22:29:53

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maomao11259

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★
帝夫(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-04-23 10:03

同意樓上的，多修幾輪收斂。

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3樓2010-04-23 09:19:21

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引用回帖:

Originally posted by maomao11259 at 2010-04-23 09:19:21:
同意樓上的，多修幾輪收斂。

引用回帖:

Originally posted by zhangxin11 at 2010-04-22 22:29:53:
結(jié)構(gòu)沒有收斂多修幾輪試試 ins中精修輪數(shù)改大點(diǎn)

謝謝回復(fù)，不過結(jié)構(gòu)不是我解的，我無法再進(jìn)行精修（我是菜鳥）。我想知道是否可以使用這個(gè)數(shù)據(jù)？如果能，如何寫response？請高人繼續(xù)指教。

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4樓2010-04-23 10:11:58

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enihc(金幣+2):謝謝老師，還望您多多賜教！ 2010-04-23 13:15

這個(gè)是結(jié)構(gòu)沒有收斂, 必須再修.
response是通不過的.

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xi2004-emuch@163.com

5樓2010-04-23 10:25:20

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Originally posted by xi2004 at 2010-04-23 10:25:20:
這個(gè)是結(jié)構(gòu)沒有收斂, 必須再修.
response是通不過的.

謝謝老師的指點(diǎn)！

可是這樣的話，為什么那位老師把沒有收斂的結(jié)構(gòu)解析結(jié)果發(fā)給我呢？(結(jié)構(gòu)解析是花錢請測試的老師解的) 不能用的結(jié)果他也可以出？困惑啊~~

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6樓2010-04-23 10:39:14

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引用回帖:

Originally posted by enihc at 2010-04-23 10:39:14:

謝謝老師的指點(diǎn)！

可是這樣的話，為什么那位老師把沒有收斂的結(jié)構(gòu)解析結(jié)果發(fā)給我呢？(結(jié)構(gòu)解析是花錢請測試的老師解的) 不能用的結(jié)果他也可以出？困惑啊~~

當(dāng)然該把數(shù)據(jù)要回來,自己繼續(xù)精修.

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xi2004-emuch@163.com

7樓2010-04-23 22:57:34

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帝夫:感謝您的回復(fù)！ 2010-10-25 22:01:13

引用回帖:

Originally posted by xi2004 at 2010-04-23 22:57:34:

當(dāng)然該把數(shù)據(jù)要回來,自己繼續(xù)精修.

xi2004老師，您好！我這個(gè)帖發(fā)帖到現(xiàn)在已經(jīng)半年過去了。
這個(gè)數(shù)據(jù)之前沒有回來自己精修（因?yàn)椴粫髞硐韧陡辶�，�?jīng)過4個(gè)月的審稿，審稿人的確提出這個(gè)問題需要再精修。我找一個(gè)懂得些精修的同學(xué)幫忙，得到了一個(gè)沒有A/B類錯(cuò)誤的CIF，但是仍沒有解決審稿人提出的另外3個(gè)小問題。問題雖小，但是我這方面知識很欠，還想請您幫忙看看，審稿人的問題和精修后的CIF包--我會在稍后通過郵件發(fā)給您的163郵箱。

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8樓2010-10-25 20:24:02

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flyfeier1985

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暖~~

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enihc(金幣+2):沒法兒了~~被你打劫-_- 2010-11-24 14:21:41

給偶點(diǎn)吧~~

回復(fù)此樓

凹凸~~

9樓2010-11-24 14:17:46

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