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enihc木蟲(chóng) (小有名氣)
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【求助】求教對(duì)CIF文件中2個(gè)A類(lèi)錯(cuò)誤的解釋 已有4人參與
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我的CIF文件有兩個(gè)A類(lèi)錯(cuò)誤，問(wèn)了一個(gè)解晶體結(jié)構(gòu)的老師，他說(shuō)這是由于在做吸收校正時(shí)沒(méi)有考慮晶體形貌而產(chǎn)生的（測(cè)試晶體尺寸為0.50mm*0.12mm*0.02mm），是這樣的嗎？ Alert level A SHFSU01_ALERT_2_A The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20 Absolute value of the parameter shift to su ratio given 5.305 Additional refinement cycles may be required. Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction. PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 5.30 Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction. GOOF值和R因子如下。 如果我想使用這個(gè)CIF，我該如何在CIF中解釋上面這兩個(gè)A類(lèi)錯(cuò)誤呢？（給出的Response是我擬寫(xiě)的內(nèi)容）請(qǐng)各位老師和高手指點(diǎn)迷津！謝謝大家！ _refine_ls_R_factor_all 0.0314 _refine_ls_wR_factor_ref 0.0786 _refine_ls_goodness_of_fit_ref 1.044 另外，還有7個(gè)C類(lèi)錯(cuò)誤和10個(gè)G類(lèi)錯(cuò)誤，需要怎么處理它們呢？我可以不管C和G么？ Alert level C PLAT029_ALERT_3_C _diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.97 PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X) Al2 -- N5 .. 5.67 su PLAT324_ALERT_2_C Check for Possibly Missing H on Coordinating.... N3 PLAT041_ALERT_1_C Calc. and Reported SumFormula Strings Differ ? PLAT045_ALERT_1_C Calculated and Reported Z Differ by ............ 0.25 Ratio PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)... ? PLAT077_ALERT_4_C Unitcell contains non-integer number of atoms .. ? Alert level G FORMU01_ALERT_2_G There is a discrepancy between the atom counts in the _chemical_formula_sum and the formula from the _atom_site* data. Atom count from _chemical_formula_sum:Al1.5 N9.5 Nd1 O0.5 Si5.5 Atom count from the _atom_site data: Al1.18 N9.6 Nd1.0014 O0.4 Si5. CELLZ01_ALERT_1_G Difference between formula and atom_site contents detected. CELLZ01_ALERT_1_G ALERT: Large difference may be due to a symmetry error - see SYMMG tests From the CIF: _cell_formula_units_Z 4 From the CIF: _chemical_formula_sum Al1.5 N9.50 Nd O0.50 Si5.50 TEST: Compare cell contents of formula and atom_site data atom Z*formula cif sites diff Al 6.00 4.72 1.28 N 38.00 38.40 -0.40 Nd 4.00 3.99 0.01 O 2.00 1.60 0.40 Si 22.00 23.28 -1.28 PLAT301_ALERT_3_G Note: Main Residue Disorder ................... 32.00 Perc. PLAT396_ALERT_2_G Deviating Si-O-Si Angle from 150 Deg for PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported _diffrn_ambient_temperature 293 K PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si2 (Verify) .... S PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si3 (Verify) .... R PLAT811_ALERT_5_G No ADDSYM Analysis: Too Many Excluded Atoms .... ! |
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帝夫:感謝您的回復(fù)！ 2010-10-25 22:01:13
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xi2004老師，您好！我這個(gè)帖發(fā)帖到現(xiàn)在已經(jīng)半年過(guò)去了。 這個(gè)數(shù)據(jù)之前沒(méi)有回來(lái)自己精修（因?yàn)椴粫?huì)），后來(lái)先投稿了，經(jīng)過(guò)4個(gè)月的審稿，審稿人的確提出這個(gè)問(wèn)題需要再精修。我找一個(gè)懂得些精修的同學(xué)幫忙，得到了一個(gè)沒(méi)有A/B類(lèi)錯(cuò)誤的CIF，但是仍沒(méi)有解決審稿人提出的另外3個(gè)小問(wèn)題。問(wèn)題雖小，但是我這方面知識(shí)很欠，還想請(qǐng)您幫忙看看，審稿人的問(wèn)題和精修后的CIF包--我會(huì)在稍后通過(guò)郵件發(fā)給您的163郵箱。 |
8樓2010-10-25 20:24:02
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4樓2010-04-23 10:11:58
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