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[交流]
【求助】蛋白與小分子結合自由能計算的問題
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| 有沒有人用fep方法計算自由能：先用ds對接軟件模擬小分子配體對接到蛋白質的活性位點的結構空腔中，生成對接后的復合物pdb文件，然后我想評價一下配體對蛋白活性位點的非鍵形成的結合自由能，用namd中的fep方法，應該怎樣定義生成和消失的原子是那些呢？ug上的沒有提到算小分子對蛋白的非鍵結合自由能的實例，是不適合算還是用別的方法？？有哪位做過這方面的算例，請指點一二。 |
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