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我的專業(yè)是做有機(jī)合成，對(duì)藥物分子模擬設(shè)計(jì)也是剛剛接觸，所以有諸多淺顯問題向壇子里高手請(qǐng)教。 我先說說我目前遇到的問題： 我正在做一種化合物活性測(cè)定，這種化合物骨架對(duì)于這種活性是比較新穎的，也就是說目前沒有人測(cè)定過這類化合物這個(gè)方面的活性。所以，在pdb bank里就找不到相應(yīng)的蛋白質(zhì)。其他化合物的倒是有很多，目前已經(jīng)合成了一些化合物，也測(cè)定了一些活性。想用sybyl預(yù)測(cè)一下其他將要合成的結(jié)構(gòu)，就是不知道docking時(shí)用哪些蛋白質(zhì)�；蜻x什么樣的ligand。不知道我的問題說清楚了嗎？ 請(qǐng)大家給點(diǎn)建議，謝謝！ |
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3樓2010-04-28 17:08:50
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wohaihao(金幣+8):謝謝 2010-04-28 17:06
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wohaihao(金幣+2):再次感謝指點(diǎn) 2010-04-28 17:09
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wohaihao(金幣+2):再次感謝指點(diǎn) 2010-04-28 17:09
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（1）您知道您合成的化合物的活性是針對(duì)什么對(duì)象而言的嗎？ （2）那個(gè)對(duì)象，一般來說，應(yīng)該是某種受體蛋白質(zhì) （3）可惜的是，目前，還沒有測(cè)定到那種蛋白質(zhì)的晶體結(jié)構(gòu) （4）因此，您可以用同源模建，即利用已知結(jié)構(gòu)的、與您的受體蛋白質(zhì)序列相似的蛋白質(zhì)，擬合出您所需要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) （5）于是，您就可以進(jìn)行分子對(duì)接咯 您如果不知道您的化合物的活性所針對(duì)的對(duì)象，那就有點(diǎn)幽默了。 |
2樓2010-04-28 17:00:24
yalefield
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4樓2010-04-28 18:48:24
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