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wohaihao榮譽版主 (著名寫手)
保密局的……
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[交流]
【討論】請有經(jīng)驗的朋友探討一下 已有2人參與
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我的專業(yè)是做有機合成，對藥物分子模擬設計也是剛剛接觸，所以有諸多淺顯問題向壇子里高手請教。 我先說說我目前遇到的問題： 我正在做一種化合物活性測定，這種化合物骨架對于這種活性是比較新穎的，也就是說目前沒有人測定過這類化合物這個方面的活性。所以，在pdb bank里就找不到相應的蛋白質(zhì)。其他化合物的倒是有很多，目前已經(jīng)合成了一些化合物，也測定了一些活性。想用sybyl預測一下其他將要合成的結(jié)構(gòu)，就是不知道docking時用哪些蛋白質(zhì)�；蜻x什么樣的ligand。不知道我的問題說清楚了嗎？ 請大家給點建議，謝謝！ |
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yalefield
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4樓2010-04-28 18:48:24
yalefield
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wohaihao(金幣+8):謝謝 2010-04-28 17:06
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-04-28 17:07
wohaihao(金幣+2):再次感謝指點 2010-04-28 17:09
wohaihao(金幣+8):謝謝 2010-04-28 17:06
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-04-28 17:07
wohaihao(金幣+2):再次感謝指點 2010-04-28 17:09
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（1）您知道您合成的化合物的活性是針對什么對象而言的嗎？ （2）那個對象，一般來說，應該是某種受體蛋白質(zhì) （3）可惜的是，目前，還沒有測定到那種蛋白質(zhì)的晶體結(jié)構(gòu) （4）因此，您可以用同源模建，即利用已知結(jié)構(gòu)的、與您的受體蛋白質(zhì)序列相似的蛋白質(zhì)，擬合出您所需要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) （5）于是，您就可以進行分子對接咯 您如果不知道您的化合物的活性所針對的對象，那就有點幽默了。 |
2樓2010-04-28 17:00:24
wohaihao
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3樓2010-04-28 17:08:50
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