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Choke銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】如何設定帶分數(shù)電荷的H，用于鈍化表面的懸掛鍵 已有4人參與
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(a)在做表面H鈍化時，文章里提到需要用帶分數(shù)電荷的H，以防止引入新的表面態(tài)（如圖中紅線所示）。請問這個功能在MS中能夠?qū)崿F(xiàn)嗎？我看到properties里面有formalcharge這一項，是不是就在這里面設定所需要的分數(shù)電荷？幫助文件里對formal charge的定義是：Formal charge is a theoretical number assigned to an atom on the basis that all bonds in a molecule are purely covalent. This means that each atom in the bonding pair is assigned one electron from the bond. 我對文中的理解，以用2/3H對O進行鈍化為例，O在SnO2中有3個鍵，要保持這種結(jié)構(gòu)，也需要用3個H來鈍化，并保持O總共得到2個電子以達到complete shell，這樣每個H應貢獻2/3個電子。2/3H把所有的電子都貢獻給O了，變成了對electronic structure沒有影響的質(zhì)子。請問這樣理解是否正確？如果是這樣的話那改formal charge就不對了，因為它以pure covalent為基礎的。那如何構(gòu)建這樣一個只帶2/3個電荷的H原子呢？  文章鏈接如下 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp911035z (b) 用H鈍化之后，文中把H-O,H-Sn鍵的鍵長都固定了，請問在MS做結(jié)構(gòu)優(yōu)化時能只固定這些bond length嗎？ http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp911035z |
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Choke
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