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Choke銀蟲(chóng) (小有名氣)
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【求助】如何設(shè)定帶分?jǐn)?shù)電荷的H，用于鈍化表面的懸掛鍵 已有4人參與
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(a)在做表面H鈍化時(shí)，文章里提到需要用帶分?jǐn)?shù)電荷的H，以防止引入新的表面態(tài)（如圖中紅線所示）。請(qǐng)問(wèn)這個(gè)功能在MS中能夠?qū)崿F(xiàn)嗎？我看到properties里面有formalcharge這一項(xiàng)，是不是就在這里面設(shè)定所需要的分?jǐn)?shù)電荷？幫助文件里對(duì)formal charge的定義是：Formal charge is a theoretical number assigned to an atom on the basis that all bonds in a molecule are purely covalent. This means that each atom in the bonding pair is assigned one electron from the bond. 我對(duì)文中的理解，以用2/3H對(duì)O進(jìn)行鈍化為例，O在SnO2中有3個(gè)鍵，要保持這種結(jié)構(gòu)，也需要用3個(gè)H來(lái)鈍化，并保持O總共得到2個(gè)電子以達(dá)到complete shell，這樣每個(gè)H應(yīng)貢獻(xiàn)2/3個(gè)電子。2/3H把所有的電子都貢獻(xiàn)給O了，變成了對(duì)electronic structure沒(méi)有影響的質(zhì)子。請(qǐng)問(wèn)這樣理解是否正確？如果是這樣的話那改formal charge就不對(duì)了，因?yàn)樗詐ure covalent為基礎(chǔ)的。那如何構(gòu)建這樣一個(gè)只帶2/3個(gè)電荷的H原子呢？  文章鏈接如下 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp911035z (b) 用H鈍化之后，文中把H-O,H-Sn鍵的鍵長(zhǎng)都固定了，請(qǐng)問(wèn)在MS做結(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)能只固定這些bond length嗎？ http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp911035z |
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