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[交流]
【求助】求助關(guān)于催化反應(yīng)中兩個反應(yīng)物之間的電子轉(zhuǎn)移的計算 已有2人參與
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最近在研究酶的催化反應(yīng)計算，碰到一個問題，就是酶在催化苯胺的時候，第一步可能是酶直接把氧原子加到苯胺的氮原子上，這個過程的過渡態(tài)比較容易計算，但是還有一種可能，那就是苯胺的氮原子將一個電子轉(zhuǎn)移到酶的a2u軌道上，而本身變化成自由基，不知道這種情況下該如何計算？ 文獻中提到 “The electron transfer reactant cluster species CR(cat-a2u) was obtained by shifting one electronfrom the N,N-dimethyl aniline to the porphyrin moiety (a2u) in the reactant cluster CR using vshift=20. The data of CR(cat-a2u) shown in table are results of single point calculation. Any attempt to optimize the structure caused its collapse to the ground state 2CR.” 這個CR是指沒有電子轉(zhuǎn)移，直接加氧時候的兩個反應(yīng)物形成的復(fù)合物的結(jié)構(gòu)，也就是第一種可能，第二種可能即電子轉(zhuǎn)移的計算也建立在第一種可能的基礎(chǔ)上，本身單獨計算，似乎不行 |
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5樓2010-05-09 16:30:42
wxjbuilder
木蟲 (知名作家)
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★ ★ ★
hjsjs(金幣+3): 2010-05-09 01:00:50
zhou2009(金幣+3): 2010-05-09 07:28:03
hjsjs(金幣+3): 2010-05-09 01:00:50
zhou2009(金幣+3): 2010-05-09 07:28:03
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聽你的描述，第一種反應(yīng)方式是： C6H5NH2 + enzyme =》C6H5NH2---enzyme（過渡態(tài)） 第二種反應(yīng)方式是：C6H5NH2 + enzyme =》C6H5NH2* + enzyme* （這里的*應(yīng)該是點，代表自由基） 這類似于一個自由基裂解反應(yīng)，沒有過渡態(tài)的。反應(yīng)物和產(chǎn)物應(yīng)該可以分別計算。有疑問的是，這個電子轉(zhuǎn)移的途徑是什么，是通過溶劑還是在高溫條件下真空中發(fā)生的？還有，這個反應(yīng)僅僅是電子轉(zhuǎn)移反應(yīng)，而不是奪氫反應(yīng)？即上述兩個方程式我所理解的是正確不？ |
2樓2010-05-08 23:02:13
★ ★
gavinliu7390(金幣+2):感謝交流！ 2010-05-09 08:44:33
gavinliu7390(金幣+2):感謝交流！ 2010-05-09 08:44:33
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樓上理解正確 第一個反應(yīng)就是酶直接把氧加給苯胺的氮原子，有正常的過渡態(tài) 第二個反應(yīng)就是酶和苯胺靠近的時候，苯胺的氮原子上的電子轉(zhuǎn)移一個給酶的a2u軌道，這樣就分別生成了苯胺和酶兩個正負自由基，應(yīng)該是形成了一個混合物，關(guān)鍵是此時苯胺正自由基的自旋多重度應(yīng)該是2，而酶本身由于a2u軌道被填充滿，有兩個單電子，自旋多重度是4，所以感覺這個混合物很難處理，自旋多重度可能為2或者4，樓上認為是否可以不算混合物，而直接分別計算兩個自由基的能量？核心問題是正是形成混合物才導(dǎo)致生成自由基，如果單獨計算是否說的過去？ 另外文獻里面還提到如果給電子的反應(yīng)物的離子化能量和接電子的酶的電子親和勢相差很大，就證明這個電子轉(zhuǎn)移過程很難發(fā)生，樓上認為怎么理解 [ Last edited by hjsjs on 2010-5-9 at 03:31 ] |
3樓2010-05-09 01:00:42
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4樓2010-05-09 10:37:37
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